MirGeneDB ID | Eca-Mir-770 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-770 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UGGGCCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Horse (Equus caballus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | eca-mir-770 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Cja-Mir-770 Hsa-Mir-770 Mml-Mir-770 Mmr-Mir-770 Mmu-Mir-770 Pab-Mir-770 Rno-Mir-770 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Boreoeutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Boreoeutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_002863925.1_EquCab3.0) |
CM009171.1: 43150346-43150401 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-770) |
Mir-770
CM009171.1: 43150346-43150401 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-493 CM009171.1: 43167648-43167710 [+] UCSC Ensembl Mir-337 CM009171.1: 43177992-43178051 [+] UCSC Ensembl Mir-431 CM009171.1: 43183848-43183911 [+] UCSC Ensembl Mir-433 CM009171.1: 43184725-43184798 [+] UCSC Ensembl Mir-127 CM009171.1: 43185829-43185884 [+] UCSC Ensembl Mir-432 CM009171.1: 43187318-43187386 [+] UCSC Ensembl Mir-136-v1 CM009171.1: 43187505-43187560 [+] UCSC Ensembl Mir-136-v2 CM009171.1: 43187505-43187560 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | ACGUGUCAGGAGCCGCCCUUCCGUGCCUCCAGCACCACGUGUCUGGGCCAUGUGAGCAAGGUCACAUGGGCCCGAUGUGGUGCUGGGGGCGGCAGGGCUCUGCUCUUCUCUUCUUUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 ACGUGUCAGGAGCCGCCCU - -| GUC - GAGC UCC G UGCCUCCAGCACCACGU UGGGCC AUGU A GGG C GCGGGGGUCGUGGUGUA GCCCGG UACA A UUUCUUCUCUUCUCGUCUC A G^ --- G CUGG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Eca-Mir-770_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0013174 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGCACCACGUGUCUGGGCCAUGU -23
Get sequence
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Mature sequence | Eca-Mir-770_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
35- AUGGGCCCGAUGUGGUGCUGG -56
Get sequence
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