MirGeneDB ID | Eca-Mir-770 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-770 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UGGGCCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Horse (Equus caballus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | eca-mir-770 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Cja-Mir-770 Hsa-Mir-770 Mml-Mir-770 Mmr-Mir-770 Mmu-Mir-770 Pab-Mir-770 Rno-Mir-770 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Boreoeutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Boreoeutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_002863925.1_EquCab3.0) |
CM009171.1: 43150346-43150401 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-770) |
Mir-770
CM009171.1: 43150346-43150401 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-493 CM009171.1: 43167648-43167710 [+] UCSC Ensembl Mir-337 CM009171.1: 43177992-43178051 [+] UCSC Ensembl Mir-431 CM009171.1: 43183848-43183911 [+] UCSC Ensembl Mir-433 CM009171.1: 43184725-43184798 [+] UCSC Ensembl Mir-127 CM009171.1: 43185829-43185884 [+] UCSC Ensembl Mir-432 CM009171.1: 43187318-43187386 [+] UCSC Ensembl Mir-136-v1 CM009171.1: 43187505-43187560 [+] UCSC Ensembl Mir-136-v2 CM009171.1: 43187505-43187560 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | ACGUGUCAGGAGCCGCCCUUCCGUGCCUCCAGCACCACGUGUCUGGGCCAUGUGAGCAAGGUCACAUGGGCCCGAUGUGGUGCUGGGGGCGGCAGGGCUCUGCUCUUCUCUUCUUUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 ACGUGUCAGGAGCCGCCCU - -| GUC - GAGC UCC G UGCCUCCAGCACCACGU UGGGCC AUGU A GGG C GCGGGGGUCGUGGUGUA GCCCGG UACA A UUUCUUCUCUUCUCGUCUC A G^ --- G CUGG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Eca-Mir-770_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0013174 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGCACCACGUGUCUGGGCCAUGU -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Eca-Mir-770_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
35- AUGGGCCCGAUGUGGUGCUGG -56
Get sequence
|