MirGeneDB ID | Eca-Mir-493 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-493 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UGUACAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Horse (Equus caballus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | eca-mir-493b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-493 Cfa-Mir-493 Cja-Mir-493 Cpo-Mir-493 Dno-Mir-493 Ete-Mir-493 Hsa-Mir-493 Laf-Mir-493 Mml-Mir-493 Mmr-Mir-493 Mmu-Mir-493 Ocu-Mir-493 Pab-Mir-493 Rno-Mir-493 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_002863925.1_EquCab3.0) |
CM009171.1: 43167648-43167710 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-493) |
Mir-770
CM009171.1: 43150346-43150401 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-493 CM009171.1: 43167648-43167710 [+] UCSC Ensembl Mir-337 CM009171.1: 43177992-43178051 [+] UCSC Ensembl Mir-431 CM009171.1: 43183848-43183911 [+] UCSC Ensembl Mir-433 CM009171.1: 43184725-43184798 [+] UCSC Ensembl Mir-127 CM009171.1: 43185829-43185884 [+] UCSC Ensembl Mir-432 CM009171.1: 43187318-43187386 [+] UCSC Ensembl Mir-136-v2 CM009171.1: 43187505-43187560 [+] UCSC Ensembl Mir-136-v1 CM009171.1: 43187505-43187560 [+] UCSC Ensembl Mir-370 CM009171.1: 43212467-43212523 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GCUUCGGGGCUCCCUCUGGCCUCCAGGGCCUUGUACAUGGUAGGCUUUCAUUCAUUCGUUUGCACAUUCGGUGAAGGUCUUCCGUGUGCCAGGCUCUGUGCCAGGCAUCAAGUAAAGGGACGUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 GCUUCGGGGCUCCCUCU----| CUC U U CAUUCGUU GGC CAGGGCCU GUACAUGG AGGCUUUCAUU \ CCG GUCUCGGA CGUGUGCC UCUGGAAGUGG U UGCAGGGAAAUGAACUACGGA^ U-- C U CUUACACG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Eca-Mir-493_5p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UUGUACAUGGUAGGCUUUCAUU -22
Get sequence
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Star sequence | Eca-Mir-493_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0013163 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
41- UGAAGGUCUUCCGUGUGCCAGG -63
Get sequence
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