MirGeneDB ID | Cfa-Mir-493 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-493 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UGUACAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Dog (Canis familiaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cfa-mir-493 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-493 Cja-Mir-493 Cpo-Mir-493 Dno-Mir-493 Eca-Mir-493 Ete-Mir-493 Hsa-Mir-493 Laf-Mir-493 Mml-Mir-493 Mmr-Mir-493 Mmu-Mir-493 Ocu-Mir-493 Pab-Mir-493 Rno-Mir-493 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (canFam3_add) |
chr8: 69094351-69094412 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-493) |
Mir-493
chr8: 69094351-69094412 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-433 chr8: 69103838-69103911 [+] UCSC Ensembl Mir-127 chr8: 69104942-69104997 [+] UCSC Ensembl Mir-432 chr8: 69106428-69106496 [+] UCSC Ensembl Mir-136-v1 chr8: 69106615-69106670 [+] UCSC Ensembl Mir-136-v2 chr8: 69106615-69106670 [+] UCSC Ensembl Mir-370 chr8: 69132798-69132854 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GCUUCGGGGCCCCCUCUGGCCGCCAGGGCCUUGUACAUGGUAGGCUUUCAUUCAUUCGUUUGCACAUUCGGUGAAGGUCUACUGUGUGCCAGGCCCUGUGCCAGGCAUCGAGUAAAUGGACAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 GCUUCGGGGCCCCCUCU---| CGC U CAUUCGUU GGC CAGGGCCU GUACAUGGUAGGCUUUCAUU \ CCG GUCCCGGA CGUGUGUCAUCUGGAAGUGG U ACAGGUAAAUGAGCUACGGA^ U-- C CUUACACG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Cfa-Mir-493_5p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UUGUACAUGGUAGGCUUUCAUU -22
Get sequence
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Star sequence | Cfa-Mir-493_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0006711 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
41- UGAAGGUCUACUGUGUGCCAG -62
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-493 miRDB: MIMAT0006711 |