| MirGeneDB ID | Ete-Mir-339 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-339 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CCCUGUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Lesser hedgehog tenrec (Echinops telfairi) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-339 Cfa-Mir-339 Cja-Mir-339 Cpo-Mir-339 Dno-Mir-339 Eca-Mir-339 Hsa-Mir-339 Laf-Mir-339 Mml-Mir-339 Mmr-Mir-339 Mmu-Mir-339 Ocu-Mir-339 Pab-Mir-339 Rno-Mir-339 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (echTel2) |
JH980314: 546481-546536 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CCCGGUGCUGGGACCCCGAGGUAGCCGCAGUCCCUGUCCUCCAGGAGCUCACGUAACCAGCUGUGAGCUCCCCGAGGGCAGGGCCCGCGUCUGCUUCCGAGCUGCGCCGAGCCCGGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 CCCGGUGCUGGGACCCC--| C AGU CA UAA GAGGUAG CGC CCCUGUCCUC GGAGCUCACG C CUUCGUC GCG GGGACGGGAG CCUCGAGUGU C GGCCCGAGCCGCGUCGAGC^ U CCC CC CGA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Ete-Mir-339_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCCCUGUCCUCCAGGAGCUCACG -23
Get sequence
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| Star sequence | Ete-Mir-339_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
33- UGAGCUCCCCGAGGGCAGGGCCC -56
Get sequence
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