MirGeneDB ID | Mdo-Mir-7394-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-7394 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AUGUGUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Gray short-tailed opossum (Monodelphis domestica) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | mdo-mir-7394a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Mdo-Mir-7394-P2 Mdo-Mir-7394-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Neu-Mir-7394-P1 Sha-Mir-7394-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Marsupialia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Marsupialia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (monDom5_add) |
X: 47660934-47660987 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-7394-P1) |
Mir-7392-P1b
X: 47647594-47647650 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-7393 X: 47653725-47653778 [+] UCSC Ensembl Mir-7392-P1a X: 47656551-47656607 [+] UCSC Ensembl Mir-7394-P1 X: 47660934-47660987 [+] UCSC Ensembl Mir-7395 X: 47661482-47661537 [+] UCSC Ensembl Mir-7394-P2 X: 47667188-47667241 [+] UCSC Ensembl Mir-7397 X: 47672118-47672173 [+] UCSC Ensembl Mir-7394-P3 X: 47675602-47675655 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UUCAGCAUCAGAGUUCUGUUGCCUCAGCUAUAUGUGUGUCCAUGUUACAUGUGUUUCUCUACAUGUAACCUAGUCACACGUAUUCCUGGUGUAUACCUAUGUCUCCACAUUUACGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UUCAGCAUCAGAGUUCUGU--| C CU UCCAU GUU UGC UCAG AUAUGUGUG GUUACAUGU U AUG GGUC UAUGCACAC CAAUGUACA C CAUUUACACCUCUGUAUCCAU^ U CU UGAUC UCU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Mdo-Mir-7394-P1_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0028886 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UAUGUGUGUCCAUGUUACAUGU -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proposed targets |
TargetScanVert: mdo-miR-7394a-5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Mdo-Mir-7394-P1_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0028887 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
32- AUGUAACCUAGUCACACGUAUU -54
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proposed targets |
TargetScanVert: mdo-miR-7394a-3p |