| MirGeneDB ID | Mmu-Mir-154-P28-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-154 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GAGUAUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | House mouse (Mus musculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | mmu-mir-496a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mmu-Mir-154-P1 Mmu-Mir-154-P2-v1 Mmu-Mir-154-P2-v2 Mmu-Mir-154-P3-v1 Mmu-Mir-154-P3-v2 Mmu-Mir-154-P4 Mmu-Mir-154-P5 Mmu-Mir-154-P6a-v1 Mmu-Mir-154-P6a-v2 Mmu-Mir-154-P7 Mmu-Mir-154-P8-o1 Mmu-Mir-154-P9 Mmu-Mir-154-P10-v1 Mmu-Mir-154-P10-v2 Mmu-Mir-154-P11 Mmu-Mir-154-P12 Mmu-Mir-154-P15 Mmu-Mir-154-P17 Mmu-Mir-154-P18 Mmu-Mir-154-P19 Mmu-Mir-154-P24 Mmu-Mir-154-P25 Mmu-Mir-154-P26 Mmu-Mir-154-P28-v2 Mmu-Mir-154-P29 Mmu-Mir-154-P30 Mmu-Mir-154-P31 Mmu-Mir-154-P32 Mmu-Mir-154-P33 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-154-P28 Cfa-Mir-154-P28 Cja-Mir-154-P28 Cpo-Mir-154-P28-v1 Cpo-Mir-154-P28-v2 Dno-Mir-154-P28-v1 Dno-Mir-154-P28-v2 Eca-Mir-154-P28 Ete-Mir-154-P28-v1 Ete-Mir-154-P28-v2 Hsa-Mir-154-P28-v1 Hsa-Mir-154-P28-v2 Laf-Mir-154-P28 Mml-Mir-154-P28-v1 Mml-Mir-154-P28-v2 Mmr-Mir-154-P28 Ocu-Mir-154-P28-v1 Ocu-Mir-154-P28-v2 Pab-Mir-154-P28 Rno-Mir-154-P28-v1 Rno-Mir-154-P28-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (mm10) |
chr12: 109739133-109739186 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-154-P28-v1) |
Mir-154-P1
chr12: 109709065-109709122 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-154-P2-v2 chr12: 109710189-109710246 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P2-v1 chr12: 109710190-109710245 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P3-v1 chr12: 109710643-109710697 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P3-v2 chr12: 109710644-109710696 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P4 chr12: 109711806-109711862 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P5 chr12: 109712361-109712416 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P6a-v1 chr12: 109712523-109712578 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P6a-v2 chr12: 109712523-109712578 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P7 chr12: 109712823-109712880 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P8-o1 chr12: 109713503-109713562 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P9 chr12: 109715334-109715389 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P10-v1 chr12: 109715715-109715771 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P10-v2 chr12: 109715716-109715770 [+] UCSC Ensembl Mir-666 chr12: 109717103-109717163 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P11 chr12: 109717268-109717325 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P12 chr12: 109718757-109718816 [+] UCSC Ensembl Mir-667 chr12: 109720020-109720083 [+] UCSC Ensembl Mir-376-P2 chr12: 109722733-109722790 [+] UCSC Ensembl Mir-376-P4 chr12: 109723471-109723528 [+] UCSC Ensembl Mir-376-P5 chr12: 109723787-109723844 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P15 chr12: 109724322-109724384 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P17 chr12: 109726829-109726891 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P18 chr12: 109727346-109727403 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P19 chr12: 109728136-109728197 [+] UCSC Ensembl Mir-544 chr12: 109729335-109729391 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P24 chr12: 109733781-109733838 [+] UCSC Ensembl Mir-134 chr12: 109734145-109734205 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P25 chr12: 109734910-109734968 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P26 chr12: 109738438-109738495 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P28-v2 chr12: 109739132-109739187 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P28-v1 chr12: 109739133-109739186 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P29 chr12: 109740515-109740574 [+] UCSC Ensembl Mir-541 chr12: 109742422-109742487 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P30 chr12: 109743172-109743225 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P31 chr12: 109743303-109743358 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P32 chr12: 109743431-109743486 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P33 chr12: 109743729-109743784 [+] UCSC Ensembl Mir-3072 chr12: 109747893-109747949 [+] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CAAGCUCUCGAAAUCAAGUGUUCGAAUGGAGGUUGCCCAUGGUGUGUUCAUUUUAUUUAUGAUGAGUAUUACAUGGCCAAUCUCCUUUCGGCACUAAAAUCUUCCUGGGAGAGCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 CAAGCUCUCGAAAUCAA---| U U C GU UUUUA GUGU CGAA GGAGGUUG CCAUG GUGUUCA U CACG GCUU CCUCUAAC GGUAC UAUGAGU U CGAGAGGGUCCUUCUAAAAU^ - U C AU AGUAU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Mmu-Mir-154-P28-v1_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0017244 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GGUUGCCCAUGGUGUGUUCA -20
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mmu-miR-496a-5p miRDB: MIMAT0017244 |
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| Mature sequence | Mmu-Mir-154-P28-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0003738 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
32- UGAGUAUUACAUGGCCAAUCUC -54
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0003738 TargetScanVert: mmu-miR-496a-3p.1 miRDB: MIMAT0003738 |
