| MirGeneDB ID | Mmr-Mir-154-P28 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-154 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GAGUAUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Gray mouse lemur (Microcebus murinus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mmr-Mir-154-P1 Mmr-Mir-154-P2-v1 Mmr-Mir-154-P2-v2 Mmr-Mir-154-P3-v1 Mmr-Mir-154-P3-v2 Mmr-Mir-154-P5 Mmr-Mir-154-P6a-v1 Mmr-Mir-154-P6a-v2 Mmr-Mir-154-P6b Mmr-Mir-154-P6c Mmr-Mir-154-P7 Mmr-Mir-154-P8a Mmr-Mir-154-P8b Mmr-Mir-154-P9 Mmr-Mir-154-P10 Mmr-Mir-154-P11 Mmr-Mir-154-P12 Mmr-Mir-154-P14 Mmr-Mir-154-P16 Mmr-Mir-154-P17 Mmr-Mir-154-P18 Mmr-Mir-154-P20 Mmr-Mir-154-P21 Mmr-Mir-154-P22 Mmr-Mir-154-P23 Mmr-Mir-154-P24 Mmr-Mir-154-P25 Mmr-Mir-154-P26 Mmr-Mir-154-P29 Mmr-Mir-154-P30 Mmr-Mir-154-P31 Mmr-Mir-154-P32 Mmr-Mir-154-P33 Mmr-Mir-154-P34 Mmr-Mir-154-P37 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-154-P28 Cfa-Mir-154-P28 Cja-Mir-154-P28 Cpo-Mir-154-P28-v1 Cpo-Mir-154-P28-v2 Dno-Mir-154-P28-v1 Dno-Mir-154-P28-v2 Eca-Mir-154-P28 Ete-Mir-154-P28-v1 Ete-Mir-154-P28-v2 Hsa-Mir-154-P28-v1 Hsa-Mir-154-P28-v2 Laf-Mir-154-P28 Mml-Mir-154-P28-v1 Mml-Mir-154-P28-v2 Mmu-Mir-154-P28-v1 Mmu-Mir-154-P28-v2 Ocu-Mir-154-P28-v1 Ocu-Mir-154-P28-v2 Pab-Mir-154-P28 Rno-Mir-154-P28-v1 Rno-Mir-154-P28-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_000165445.3_Mmur_3.0_genomic) |
CM007663.1: 12755051-12755104 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-154-P28) |
Mir-154-P2-v2
CM007663.1: 12719569-12719626 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-154-P2-v1 CM007663.1: 12719570-12719625 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P37 CM007663.1: 12721366-12721423 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P17 CM007663.1: 12739835-12739897 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P22 CM007663.1: 12745610-12745663 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P30 CM007663.1: 12759249-12759302 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P33 CM007663.1: 12759838-12759893 [+] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GUGAGCGCCAGAGUCAGGUACUUGAAUGGAGGUUGUCCAUGGUGUGUUCAUUUUAUUUAUGAUGAGUAUUACAUGGCCAAUCUCCUUUCAGUACUAAAUUCUUCUUGGGAAAACGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 GUGAGCGCCAGAGUCAG---| U U U GU UUA GUACU GAA GGAGGUUG CCAUG GUGUUCAUU U CAUGA CUU CCUCUAAC GGUAC UAUGAGUAG U CAAAAGGGUUCUUCUUAAAU^ - U C AU UAU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Mmr-Mir-154-P28_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GGUUGUCCAUGGUGUGUUCAUU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Mmr-Mir-154-P28_3p (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
32- UGAGUAUUACAUGGCCAAUCUC -54
Get sequence
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