MirGeneDB ID | Mmr-Mir-154-P11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-154 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AACAUUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Gray mouse lemur (Microcebus murinus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Mmr-Mir-154-P1 Mmr-Mir-154-P2-v1 Mmr-Mir-154-P2-v2 Mmr-Mir-154-P3-v1 Mmr-Mir-154-P3-v2 Mmr-Mir-154-P5 Mmr-Mir-154-P6a-v1 Mmr-Mir-154-P6a-v2 Mmr-Mir-154-P6b Mmr-Mir-154-P6c Mmr-Mir-154-P7 Mmr-Mir-154-P8a Mmr-Mir-154-P8b Mmr-Mir-154-P9 Mmr-Mir-154-P10 Mmr-Mir-154-P12 Mmr-Mir-154-P14 Mmr-Mir-154-P16 Mmr-Mir-154-P17 Mmr-Mir-154-P18 Mmr-Mir-154-P20 Mmr-Mir-154-P21 Mmr-Mir-154-P22 Mmr-Mir-154-P23 Mmr-Mir-154-P24 Mmr-Mir-154-P25 Mmr-Mir-154-P26 Mmr-Mir-154-P28 Mmr-Mir-154-P29 Mmr-Mir-154-P30 Mmr-Mir-154-P31 Mmr-Mir-154-P32 Mmr-Mir-154-P33 Mmr-Mir-154-P34 Mmr-Mir-154-P37 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-154-P11 Cfa-Mir-154-P11 Cja-Mir-154-P11 Cpo-Mir-154-P11 Dno-Mir-154-P11 Eca-Mir-154-P11 Ete-Mir-154-P11 Hsa-Mir-154-P11 Laf-Mir-154-P11 Mml-Mir-154-P11 Mmu-Mir-154-P11 Ocu-Mir-154-P11 Pab-Mir-154-P11 Rno-Mir-154-P11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_000165445.3_Mmur_3.0_genomic) |
CM007663.1: 12727838-12727894 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-154-P11) |
Mir-154-P2-v2
CM007663.1: 12719569-12719626 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-154-P2-v1 CM007663.1: 12719570-12719625 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P37 CM007663.1: 12721366-12721423 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P17 CM007663.1: 12739835-12739897 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P22 CM007663.1: 12745610-12745663 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P30 CM007663.1: 12759249-12759302 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P33 CM007663.1: 12759838-12759893 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CCACAGCGCUGACAUGCGGUACUUAAUGAGAAGUUGCCCGCGUCUUUUUCGCUGUAUUUGUGACGAAACAUUCGCGGUGCACUUCUUUUUCAGUAUCCUAUUCUGCCUUGAAGACGUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CCACAGCGCUGACAUGC---| U U U - UCUU CUGUA GGUACU AA GAGAAGU GC CCGCG UUUCG U CUAUGA UU UUCUUCA CG GGCGC AAAGC U UGCAGAAGUUCCGUCUUAUC^ C U - U UUAC AGUGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Comment | There is a second Drosha cut +1 on both arms. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Mmr-Mir-154-P11_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AAGUUGCCCGCGUCUUUUUCG -21
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Mmr-Mir-154-P11_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
35- AAACAUUCGCGGUGCACUUCUU -57
Get sequence
|