MirGeneDB ID | Ocu-Mir-362-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-362 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AUGCACC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Rabbit (Oryctolagus cuniculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | ocu-mir-502b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Ocu-Mir-362-P3a Ocu-Mir-362-P4 Ocu-Mir-362-P5 Ocu-Mir-362-P6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Laf-Mir-362-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (oryCun2_add) |
chrX: 34235397-34235456 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-362-P2) |
Mir-188-P1
chrX: 34232287-34232345 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-188-P2 chrX: 34232654-34232713 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P2 chrX: 34235397-34235456 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P3a chrX: 34237519-34237579 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P4 chrX: 34238027-34238085 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P5 chrX: 34238810-34238869 [+] UCSC Ensembl Mir-188-P3 chrX: 34242048-34242106 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P6 chrX: 34243943-34244002 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GCUUGAGCCUUCUCUUUUGCUCUUUCUCUCUAAUCCUUGAUACCUGGUGUUAGUGCUUUCUAUGUGCAAUGCACCUGGGCAAGGAUUUAGAGUGGGAUGAGCCUUAUCUGCCGAUGGAAGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 GCUUGAGCCUUCUCUUUU - UU U -| AUA U UA- GCUUU GCUC U C CUCU AAUCCUUG CC GGUGU GU \ CGAG A G GAGA UUAGGAAC GG CCACG CG C GAAGGUAGCCGUCUAUUC U GG U U^ G-- U UAA UGUAU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Comment | There is an orthologous sequence to the rabbit and cow in both human and Cavia (and elephant) but no reads from human or Cavia and a very weak secondary structure. This might be an example of a recently lost miRNA. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Ocu-Mir-362-P2_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0048497 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UAAUCCUUGAUACCUGGUGUUAGU -24
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Ocu-Mir-362-P2_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0048498 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- AAUGCACCUGGGCAAGGAUUUAG -60
Get sequence
|