MirGeneDB ID | Ocu-Mir-362-P6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-362 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AUGCACC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Rabbit (Oryctolagus cuniculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | ocu-mir-502a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Ocu-Mir-362-P2 Ocu-Mir-362-P3a Ocu-Mir-362-P4 Ocu-Mir-362-P5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-362-P6 Cfa-Mir-362-P6 Cpo-Mir-362-P6 Dno-Mir-362-P6 Eca-Mir-362-P6 Ete-Mir-362-P6 Hsa-Mir-362-P6 Laf-Mir-362-P6 Mml-Mir-362-P6 Mmr-Mir-362-P6 Mmu-Mir-362-P6 Pab-Mir-362-P6 Rno-Mir-362-P6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (oryCun2_add) |
chrX: 34243943-34244002 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-362-P6) |
Mir-188-P1
chrX: 34232287-34232345 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-188-P2 chrX: 34232654-34232713 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P2 chrX: 34235397-34235456 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P3a chrX: 34237519-34237579 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P4 chrX: 34238027-34238085 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P5 chrX: 34238810-34238869 [+] UCSC Ensembl Mir-188-P3 chrX: 34242048-34242106 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P6 chrX: 34243943-34244002 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CCUGAGCCUUCUGCUCUGCUCCCCCUCUCUAAUCCUUGCUAUCUGGGUGCUAGUGCUAUCUCAAUGCAAUGCACCUGGGCAAGGAUUCAGAGAGGGUGAGCUUGACUGCAUCAAGAAGGAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 CCUGAGCCUUCUGCUCU-- C -| UAU UG UAG UAUC GCUC CCCUCUCU AAUCCUUGC C GGUGC UGC \ CGAG GGGAGAGA UUAGGAACG G CCACG ACG U AGGAAGAACUACGUCAGUU U C^ --- GU UA- UAAC . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Ocu-Mir-362-P6_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0048495 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AAUCCUUGCUAUCUGGGUGCUAGUGC -26
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Ocu-Mir-362-P6_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0048496 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- AAUGCACCUGGGCAAGGAUUCAG -60
Get sequence
|