| MirGeneDB ID | Ocu-Mir-362-P3a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-362 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AUGCACC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Rabbit (Oryctolagus cuniculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | ocu-mir-500 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Ocu-Mir-362-P2 Ocu-Mir-362-P4 Ocu-Mir-362-P5 Ocu-Mir-362-P6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-362-P3a-v1 Bta-Mir-362-P3a-v2 Bta-Mir-362-P3a-v3 Cfa-Mir-362-P3a-v1 Cfa-Mir-362-P3a-v2 Cja-Mir-362-P3a-v1 Cja-Mir-362-P3a-v2 Dno-Mir-362-P3a-v1 Dno-Mir-362-P3a-v2 Eca-Mir-362-P3a-v1 Eca-Mir-362-P3a-v2 Hsa-Mir-362-P3a-v1 Hsa-Mir-362-P3a-v2 Mml-Mir-362-P3a-v1 Mml-Mir-362-P3a-v2 Mmr-Mir-362-P3a-v1 Mmr-Mir-362-P3a-v2 Pab-Mir-362-P3a-v1 Pab-Mir-362-P3a-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (oryCun2_add) |
chrX: 34237519-34237579 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-362-P3a) |
Mir-188-P1
chrX: 34232287-34232345 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-188-P2 chrX: 34232654-34232713 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P2 chrX: 34235397-34235456 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P3a chrX: 34237519-34237579 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P4 chrX: 34238027-34238085 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P5 chrX: 34238810-34238869 [+] UCSC Ensembl Mir-188-P3 chrX: 34242048-34242106 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P6 chrX: 34243943-34244002 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AUGCAGGCCUUCUGCUCUGCUCCCCCUCUCUAAUCCUUGCUACCUGGGUGAGAGUGCUAACUGAAUGCAAUGCACCUGGGCAAGGAUUCAGAGAGCGAGAGCUUCCUCUUCGAAUAGGAUAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 AUGCAGGCCUUCUGCUCU- CCC -| UAC UG AGA- GCUAA GCUC CUCUCU AAUCCUUGC C GGUG GU \ CGAG GAGAGA UUAGGAACG G CCAC CG C AUAGGAUAAGCUUCUCCUU AGC C^ --- GU GUAA UAAGU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Ocu-Mir-362-P3a_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0048491 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAAUCCUUGCUACCUGGGUGAGAGU -25
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Ocu-Mir-362-P3a_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0048492 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- AAUGCACCUGGGCAAGGAUUCAG -61
Get sequence
|
