MirGeneDB ID | Cfa-Mir-362-P3a-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-362 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AAUCCUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Dog (Canis familiaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cfa-mir-500 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cfa-Mir-362-P3a-v2 Cfa-Mir-362-P3b Cfa-Mir-362-P4 Cfa-Mir-362-P6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-362-P3a-v1 Bta-Mir-362-P3a-v2 Bta-Mir-362-P3a-v3 Cja-Mir-362-P3a-v1 Cja-Mir-362-P3a-v2 Dno-Mir-362-P3a-v1 Dno-Mir-362-P3a-v2 Eca-Mir-362-P3a-v1 Eca-Mir-362-P3a-v2 Hsa-Mir-362-P3a-v1 Hsa-Mir-362-P3a-v2 Mml-Mir-362-P3a-v1 Mml-Mir-362-P3a-v2 Mmr-Mir-362-P3a-v1 Mmr-Mir-362-P3a-v2 Ocu-Mir-362-P3a Pab-Mir-362-P3a-v1 Pab-Mir-362-P3a-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (canFam3_add) |
chrX: 42779871-42779932 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-362-P3a-v1) |
Mir-188-P1
chrX: 42774680-42774738 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-188-P2 chrX: 42775072-42775131 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P3a-v1 chrX: 42779871-42779932 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P3a-v2 chrX: 42779872-42779931 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P4 chrX: 42780369-42780427 [+] UCSC Ensembl Mir-188-P3 chrX: 42783965-42784023 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P6 chrX: 42785601-42785660 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UGUGGGGCCUCCUGAUCUGUUCCCCCUCUCUAAUCCUUGCUACCUGGGUGAGAGUGCUUUCUGAAUGCAAUGCACCUGGGCAAGGAUUCUGAGAGUGAGAGCUUCAUCUUCACGUAAGGACAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 UGUGGGGCCUCCUGAUCU-- CCC U-| UAC UG AGAGUGCUUU GUUC CUCUC AAUCCUUGC C GGUG C CGAG GAGAG UUAGGAACG G CCAC U ACAGGAAUGCACUUCUACUU AGU UC^ --- GU GUAACGUAAG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Cfa-Mir-362-P3a-v1_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UAAUCCUUGCUACCUGGGUGAGAG -24
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Co-mature sequence | Cfa-Mir-362-P3a-v1_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0006759 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- AUGCACCUGGGCAAGGAUUCUGA -62
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-500 miRDB: MIMAT0006759 |