MirGeneDB ID | Cfa-Mir-362-P3a-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-362 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AUGCACC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Dog (Canis familiaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cfa-mir-500 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cfa-Mir-362-P3a-v1 Cfa-Mir-362-P3b Cfa-Mir-362-P4 Cfa-Mir-362-P6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-362-P3a-v1 Bta-Mir-362-P3a-v2 Bta-Mir-362-P3a-v3 Cja-Mir-362-P3a-v1 Cja-Mir-362-P3a-v2 Dno-Mir-362-P3a-v1 Dno-Mir-362-P3a-v2 Eca-Mir-362-P3a-v1 Eca-Mir-362-P3a-v2 Hsa-Mir-362-P3a-v1 Hsa-Mir-362-P3a-v2 Mml-Mir-362-P3a-v1 Mml-Mir-362-P3a-v2 Mmr-Mir-362-P3a-v1 Mmr-Mir-362-P3a-v2 Ocu-Mir-362-P3a Pab-Mir-362-P3a-v1 Pab-Mir-362-P3a-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (canFam3_add) |
chrX: 42779872-42779931 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-362-P3a-v2) |
Mir-188-P1
chrX: 42774680-42774738 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-188-P2 chrX: 42775072-42775131 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P3a-v1 chrX: 42779871-42779932 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P3a-v2 chrX: 42779872-42779931 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P4 chrX: 42780369-42780427 [+] UCSC Ensembl Mir-188-P3 chrX: 42783965-42784023 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P6 chrX: 42785601-42785660 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GUGGGGCCUCCUGAUCUGUUCCCCCUCUCUAAUCCUUGCUACCUGGGUGAGAGUGCUUUCUGAAUGCAAUGCACCUGGGCAAGGAUUCUGAGAGUGAGAGCUUCAUCUUCACGUAAGGACGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 GUGGGGCCUCCUGAUCU-- CCC U-| UAC UG AGA- GCUUU GUUC CUCUC AAUCCUUGC C GGUG GU \ CGAG GAGAG UUAGGAACG G CCAC CG C CAGGAAUGCACUUCUACUU AGU UC^ --- GU GUAA UAAGU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Cfa-Mir-362-P3a-v2_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AAUCCUUGCUACCUGGGUGAGAGU -24
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Cfa-Mir-362-P3a-v2_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0006759 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- AAUGCACCUGGGCAAGGAUUCUG -60
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-500 miRDB: MIMAT0006759 |