MirGeneDB ID | Ocu-Mir-188-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-188 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | ACCCAUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Rabbit (Oryctolagus cuniculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | ocu-mir-660 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Ocu-Mir-188-P1 Ocu-Mir-188-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-188-P3 Cfa-Mir-188-P3 Cja-Mir-188-P3 Cpo-Mir-188-P3 Dno-Mir-188-P3 Eca-Mir-188-P3 Ete-Mir-188-P3 Hsa-Mir-188-P3 Laf-Mir-188-P3 Mml-Mir-188-P3 Mmr-Mir-188-P3 Pab-Mir-188-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (oryCun2_add) |
chrX: 34242048-34242106 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-188-P3) |
Mir-188-P1
chrX: 34232287-34232345 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-188-P2 chrX: 34232654-34232713 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P2 chrX: 34235397-34235456 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P3a chrX: 34237519-34237579 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P4 chrX: 34238027-34238085 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P5 chrX: 34238810-34238869 [+] UCSC Ensembl Mir-188-P3 chrX: 34242048-34242106 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P6 chrX: 34243943-34244002 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GUGCAGAAGAAUGAACUGCUCCUUCUCCUGUACCCAUUGCAUAUCGGAGUUGUAAAUUCUCAAAACACCUCCUGUGUGCAUGGAUUGCAGGAGGGUGAGCCUUGUCAUCACGAAGCUUCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 GUGCAGAAGAAUGAACU-- C C-| U C U AAAUU GCUC UUCUCCUGUA CCAU GCAUAU GGAG UGU \ CGAG GGGAGGACGU GGUA CGUGUG CCUC ACA C CUUCGAAGCACUACUGUUC U UA^ - U C AAACU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Ocu-Mir-188-P3_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0048551 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UACCCAUUGCAUAUCGGAGUUGU -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Ocu-Mir-188-P3_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0048552 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- ACCUCCUGUGUGCAUGGAUUGCA -59
Get sequence
|