MirGeneDB ID | Mmr-Mir-188-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-188 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | ACCCAUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Gray mouse lemur (Microcebus murinus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | mmr-mir-660 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Mmr-Mir-188-P1 Mmr-Mir-188-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-188-P3 Cfa-Mir-188-P3 Cja-Mir-188-P3 Cpo-Mir-188-P3 Dno-Mir-188-P3 Eca-Mir-188-P3 Ete-Mir-188-P3 Hsa-Mir-188-P3 Laf-Mir-188-P3 Mml-Mir-188-P3 Ocu-Mir-188-P3 Pab-Mir-188-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_000165445.3_Mmur_3.0_genomic) |
CM007693.1: 138621731-138621789 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-188-P3) |
Mir-188-P1
CM007693.1: 138605615-138605673 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-188-P2 CM007693.1: 138605984-138606043 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P3a-v1 CM007693.1: 138618071-138618132 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P3a-v2 CM007693.1: 138618071-138618132 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P3b-v1 CM007693.1: 138619927-138619987 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P3b-v2 CM007693.1: 138619927-138619987 [+] UCSC Ensembl Mir-188-P3 CM007693.1: 138621731-138621789 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P6 CM007693.1: 138623099-138623157 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GUGCAGAAGAACCAAUUGCUCCUUCUCCCAUACCCAUUGCAUAUCGGAGUUGUGAAUUCUCAAAACACCUCCUGUGUGCAUGGAUUACAGGAGGGUGAGCCUGGUCAUCGAGAAGCUUCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 GUGCAGAAGAACCAAUU-- C CAUAC-| U C U GAAUU GCUC UUCUCC CCAU GCAUAU GGAG UGU \ CGAG GGGAGG GGUA CGUGUG CCUC ACA C CUUCGAAGAGCUACUGGUC U ACAUUA^ - U C AAACU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Mmr-Mir-188-P3_5p |
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mirBase accession | MIMAT0049181 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UACCCAUUGCAUAUCGGAGUUGU -23
Get sequence
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Star sequence | Mmr-Mir-188-P3_3p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- ACCUCCUGUGUGCAUGGAUUACA -59
Get sequence
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