MirGeneDB ID | Eca-Mir-188-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-188 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | ACCCAUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Horse (Equus caballus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | eca-mir-660 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Eca-Mir-188-P1 Eca-Mir-188-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-188-P3 Cfa-Mir-188-P3 Cja-Mir-188-P3 Cpo-Mir-188-P3 Dno-Mir-188-P3 Ete-Mir-188-P3 Hsa-Mir-188-P3 Laf-Mir-188-P3 Mml-Mir-188-P3 Mmr-Mir-188-P3 Ocu-Mir-188-P3 Pab-Mir-188-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_002863925.1_EquCab3.0) |
CM009179.1: 41481460-41481518 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-188-P3) |
Mir-188-P1
CM009179.1: 41473395-41473453 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-188-P2 CM009179.1: 41473769-41473828 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P3a-v1 CM009179.1: 41478213-41478274 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P3a-v2 CM009179.1: 41478213-41478274 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P4 CM009179.1: 41478747-41478805 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P5 CM009179.1: 41479494-41479552 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P3b-v2 CM009179.1: 41480028-41480089 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P3b-v1 CM009179.1: 41480028-41480089 [+] UCSC Ensembl Mir-188-P3 CM009179.1: 41481460-41481518 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P6 CM009179.1: 41482336-41482395 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GUGCAGAAGAACGAACUGCUCCUUCUCCUGUACCCAUUGCAUAUCGGAGUUGUGAAUUCUGAAAGCACCUCCUGUGUGCAUGGAUUACAGGAGGGCGAGCCUUGUCAUCAUGAACCUUCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 GUGCAGAAGAACGAACU-- C C-| U C U GAAUU GCUC UUCUCCUGUA CCAU GCAUAU GGAG UGU \ CGAG GGGAGGACAU GGUA CGUGUG CCUC ACG C CUUCCAAGUACUACUGUUC C UA^ - U C AAAGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Eca-Mir-188-P3_5p |
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mirBase accession | MIMAT0013241 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UACCCAUUGCAUAUCGGAGUUGU -23
Get sequence
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Star sequence | Eca-Mir-188-P3_3p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- ACCUCCUGUGUGCAUGGAUUACA -59
Get sequence
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