MirGeneDB ID | Eca-Mir-362-P3b-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-362 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UGCACCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Horse (Equus caballus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | eca-mir-500-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Eca-Mir-362-P3a-v1 Eca-Mir-362-P3a-v2 Eca-Mir-362-P3b-v1 Eca-Mir-362-P4 Eca-Mir-362-P5 Eca-Mir-362-P6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-362-P3b-v1 Bta-Mir-362-P3b-v2 Cfa-Mir-362-P3b Cpo-Mir-362-P3b Dno-Mir-362-P3b Hsa-Mir-362-P3b Mml-Mir-362-P3b Mmr-Mir-362-P3b-v1 Mmr-Mir-362-P3b-v2 Pab-Mir-362-P3b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_002863925.1_EquCab3.0) |
CM009179.1: 41480028-41480089 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-362-P3b-v2) |
Mir-188-P1
CM009179.1: 41473395-41473453 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-188-P2 CM009179.1: 41473769-41473828 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P3a-v1 CM009179.1: 41478213-41478274 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P3a-v2 CM009179.1: 41478213-41478274 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P4 CM009179.1: 41478747-41478805 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P5 CM009179.1: 41479494-41479552 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P3b-v2 CM009179.1: 41480028-41480089 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P3b-v1 CM009179.1: 41480028-41480089 [+] UCSC Ensembl Mir-188-P3 CM009179.1: 41481460-41481518 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P6 CM009179.1: 41482336-41482395 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CUGGAAUCUUCUGUUCUGGCUCCCCCUCUCUAAUCCUUGCUACCUGGGUGAGAGUGCUUUCUGAAUGCAAUGCACCUGGGCAAGGAUUCCGAGAGGGAGAGUGUCAUCUUCGCAUAGAACAGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 CUGGAAUCUUCUGUUCUG-- C U-| UAC UG AGAGUGCUUU GCUC CCCUCUC AAUCCUUGC C GGUG C UGAG GGGAGAG UUAGGAACG G CCAC U GACAAGAUACGCUUCUACUG A CC^ --- GU GUAACGUAAG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Eca-Mir-362-P3b-v2_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0013223 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UAAUCCUUGCUACCUGGGUGAGAG -24
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Eca-Mir-362-P3b-v2_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- AUGCACCUGGGCAAGGAUUCCGA -62
Get sequence
|