| MirGeneDB ID | Cpo-Mir-362-P3b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-362 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AAUCCUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Guinea pig (Cavia porcellus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cpo-mir-500b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cpo-Mir-362-P4 Cpo-Mir-362-P5 Cpo-Mir-362-P6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-362-P3b-v1 Bta-Mir-362-P3b-v2 Cfa-Mir-362-P3b Dno-Mir-362-P3b Eca-Mir-362-P3b-v1 Eca-Mir-362-P3b-v2 Hsa-Mir-362-P3b Mml-Mir-362-P3b Mmr-Mir-362-P3b-v1 Mmr-Mir-362-P3b-v2 Pab-Mir-362-P3b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (cavPor3) |
scaffold_132: 3010278-3010339 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-362-P3b) |
Mir-188-P1
scaffold_132: 3003104-3003162 [+]
UCSC
Mir-188-P2 scaffold_132: 3003465-3003524 [+] UCSC Mir-362-P4 scaffold_132: 3009085-3009144 [+] UCSC Mir-362-P5 scaffold_132: 3009773-3009832 [+] UCSC Mir-362-P3b scaffold_132: 3010278-3010339 [+] UCSC Mir-188-P3 scaffold_132: 3012570-3012628 [+] UCSC Mir-362-P6 scaffold_132: 3014248-3014306 [+] UCSC |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AUGUUAUUUUCUGUUCUGGCUCCCCCUCUCUAAUCCUUGCUACCUGGGUGAGAGUGCUUUGUGAAUGCAGUGCACCUGGGCAAGGGUUCUGUGAGAGAGAGCACCAUCUUCACACGAGACAGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 AUGUUAUUUUCUGUUCUG-- CCC U---| UAC UG AGA- GCUUU GCUC CUCUC AAUCCUUGC C GGUG GU \ CGAG GAGAG UUGGGAACG G CCAC CG G GACAGAGCACACUUCUACCA A-- UGUC^ --- GU GUGA UAAGU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cpo-Mir-362-P3b_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0047301 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAAUCCUUGCUACCUGGGUGAGAGU -25
Get sequence
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| Star sequence | Cpo-Mir-362-P3b_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | MIMAT0047302 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- AGUGCACCUGGGCAAGGGUUCUGU -62
Get sequence
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