MirGeneDB ID | Bta-Mir-362-P3b-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-362 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AUGCACC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Cow (Bos taurus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | bta-mir-500 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Bta-Mir-362-P1-v1 Bta-Mir-362-P1-v2 Bta-Mir-362-P3a-v1 Bta-Mir-362-P3a-v2 Bta-Mir-362-P3a-v3 Bta-Mir-362-P3b-v2 Bta-Mir-362-P4 Bta-Mir-362-P6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Cfa-Mir-362-P3b Cpo-Mir-362-P3b Dno-Mir-362-P3b Eca-Mir-362-P3b-v1 Eca-Mir-362-P3b-v2 Hsa-Mir-362-P3b Mml-Mir-362-P3b Mmr-Mir-362-P3b-v1 Mmr-Mir-362-P3b-v2 Pab-Mir-362-P3b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_002263795.1_ARS-UCD1.2_BTA) |
NC_037357.1: 87737938-87737999 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-362-P3b-v1) |
Mir-188-P1
NC_037357.1: 87724748-87724806 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-188-P2 NC_037357.1: 87725070-87725129 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P1-v1 NC_037357.1: 87732069-87732124 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P1-v2 NC_037357.1: 87732069-87732124 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P3a-v3 NC_037357.1: 87736191-87736252 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P3a-v2 NC_037357.1: 87736191-87736252 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P3a-v1 NC_037357.1: 87736191-87736252 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P4 NC_037357.1: 87736674-87736732 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P3b-v1 NC_037357.1: 87737938-87737999 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P3b-v2 NC_037357.1: 87737938-87737999 [+] UCSC Ensembl Mir-188-P3 NC_037357.1: 87740093-87740151 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P6 NC_037357.1: 87742037-87742096 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CUGGAAUCUUCUGUCCUGGCUCCCCCUCUCUAAUCCUUGCUACCUGGGUGAGAGUGCUUUCUGAAUGCAAUGCACCUGGGCAAGGAUUCUGAGAGAGGGAGCACCAUCUUCGCCUAGAACAAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 CUGGAAUCUUCUGUCCUG-- C U-| UAC UG AGAG CUUUC GCUCCC CUCUC AAUCCUUGC C GGUG UG \ CGAGGG GAGAG UUAGGAACG G CCAC AC U AACAAGAUCCGCUUCUACCA A UC^ --- GU GUA- GUAAG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Bta-Mir-362-P3b-v1_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0009337 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UAAUCCUUGCUACCUGGGUGAGAGUG -26
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proposed targets |
TargetScanVert: bta-miR-500 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Bta-Mir-362-P3b-v1_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- AAUGCACCUGGGCAAGGAUUCUGA -62
Get sequence
|