MirGeneDB ID | Cpo-Mir-362-P6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-362 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AUCCUUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Guinea pig (Cavia porcellus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cpo-mir-502a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cpo-Mir-362-P3b Cpo-Mir-362-P4 Cpo-Mir-362-P5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-362-P6 Cfa-Mir-362-P6 Dno-Mir-362-P6 Eca-Mir-362-P6 Ete-Mir-362-P6 Hsa-Mir-362-P6 Laf-Mir-362-P6 Mml-Mir-362-P6 Mmr-Mir-362-P6 Mmu-Mir-362-P6 Ocu-Mir-362-P6 Pab-Mir-362-P6 Rno-Mir-362-P6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (cavPor3) |
scaffold_132: 3014248-3014306 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-362-P6) |
Mir-188-P1
scaffold_132: 3003104-3003162 [+]
UCSC
Mir-188-P2 scaffold_132: 3003465-3003524 [+] UCSC Mir-362-P4 scaffold_132: 3009085-3009144 [+] UCSC Mir-362-P5 scaffold_132: 3009773-3009832 [+] UCSC Mir-362-P3b scaffold_132: 3010278-3010339 [+] UCSC Mir-188-P3 scaffold_132: 3012570-3012628 [+] UCSC Mir-362-P6 scaffold_132: 3014248-3014306 [+] UCSC |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CCUGAGCCUUCUGCCCUGCUCCCUCUCUCUAAUCCUUGCUAUCUGGGUGCUAGUGCUGUCUCAAUGCAAUGUACCUGGGCAAGGGUUCAUAGAGGGUGAGCACAUCUGCAACCAGAAGGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 CCUGAGCCUUCUGCCCU- C CU-| UAU UG UAG UGUC GCUC CUCUCU AAUCCUUGC C GGUGC UGC \ CGAG GGGAGA UUGGGAACG G CCAUG ACG U GGAAGACCAACGUCUACA U UAC^ --- GU UA- UAAC 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Cpo-Mir-362-P6_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0047305 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AAUCCUUGCUAUCUGGGUGCUAGUGC -26
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Co-mature sequence | Cpo-Mir-362-P6_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0047306 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- AAUGUACCUGGGCAAGGGUUCA -59
Get sequence
|