MirGeneDB ID | Eca-Mir-362-P6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-362 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AUGCACC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Horse (Equus caballus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | eca-mir-502 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Eca-Mir-362-P3a-v1 Eca-Mir-362-P3a-v2 Eca-Mir-362-P3b-v1 Eca-Mir-362-P3b-v2 Eca-Mir-362-P4 Eca-Mir-362-P5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-362-P6 Cfa-Mir-362-P6 Cpo-Mir-362-P6 Dno-Mir-362-P6 Ete-Mir-362-P6 Hsa-Mir-362-P6 Laf-Mir-362-P6 Mml-Mir-362-P6 Mmr-Mir-362-P6 Mmu-Mir-362-P6 Ocu-Mir-362-P6 Pab-Mir-362-P6 Rno-Mir-362-P6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_002863925.1_EquCab3.0) |
CM009179.1: 41482336-41482395 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-362-P6) |
Mir-188-P1
CM009179.1: 41473395-41473453 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-188-P2 CM009179.1: 41473769-41473828 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P3a-v1 CM009179.1: 41478213-41478274 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P3a-v2 CM009179.1: 41478213-41478274 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P4 CM009179.1: 41478747-41478805 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P5 CM009179.1: 41479494-41479552 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P3b-v2 CM009179.1: 41480028-41480089 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P3b-v1 CM009179.1: 41480028-41480089 [+] UCSC Ensembl Mir-188-P3 CM009179.1: 41481460-41481518 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P6 CM009179.1: 41482336-41482395 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CCUGAGCCUUCUGCCCUGCUCCCCCUCUCUAAUCCUUGCUAUCUGGGUGCUAGUGCUGUCUCAAUGCAAUGCACCUGGGCAAGGAUUCAGAGAGGGUGGGCUUGACAGCACCAAGAAGGAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 CCUGAGCCUUCUGCCCU-- C -| UAU UG UAG UGUC GCUC CCCUCUCU AAUCCUUGC C GGUGC UGC \ CGGG GGGAGAGA UUAGGAACG G CCACG ACG U AGGAAGAACCACGACAGUU U C^ --- GU UA- UAAC . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Comment | There is a second Drosha cut -1 on the 5p arm. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Eca-Mir-362-P6_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0013225 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AAUCCUUGCUAUCUGGGUGCUAGUGC -26
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Eca-Mir-362-P6_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0013226 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- AAUGCACCUGGGCAAGGAUUCAG -60
Get sequence
|