MirGeneDB ID | Ocu-Mir-362-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-362 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AUCCUUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Rabbit (Oryctolagus cuniculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | ocu-mir-362 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Ocu-Mir-362-P2 Ocu-Mir-362-P3a Ocu-Mir-362-P5 Ocu-Mir-362-P6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-362-P4 Cfa-Mir-362-P4 Cja-Mir-362-P4 Cpo-Mir-362-P4 Dno-Mir-362-P4 Eca-Mir-362-P4 Ete-Mir-362-P4 Hsa-Mir-362-P4 Laf-Mir-362-P4 Mml-Mir-362-P4 Mmr-Mir-362-P4 Mmu-Mir-362-P4 Pab-Mir-362-P4 Rno-Mir-362-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (oryCun2_add) |
chrX: 34238027-34238085 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-362-P4) |
Mir-188-P1
chrX: 34232287-34232345 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-188-P2 chrX: 34232654-34232713 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P2 chrX: 34235397-34235456 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P3a chrX: 34237519-34237579 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P4 chrX: 34238027-34238085 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P5 chrX: 34238810-34238869 [+] UCSC Ensembl Mir-188-P3 chrX: 34242048-34242106 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P6 chrX: 34243943-34244002 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GCCUGAGCCUUUUUUCUGCUCCUCCUCUCAAAUCCUUGGCACCUAGGUGUGAGUGCUGUUUCAGUGCAACACACCUAUUCAAGGAUUCAAAGAGGCUGAGCCUUGUCUACGUAUGUAAGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 GCCUGAGCCUUUUUUCU- CU CA-| CACC A- GCUGU GCUC CCUCU AAUCCUUGG UAGGUGUG GU \ CGAG GGAGA UUAGGAACU AUCCACAC CG U GAAUGUAUGCAUCUGUUC UC AAC^ U--- AA UGACU 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Ocu-Mir-362-P4_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0048395 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AAUCCUUGGCACCUAGGUGUGAGU -24
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Ocu-Mir-362-P4_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0048396 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- AACACACCUAUUCAAGGAUUCA -59
Get sequence
|