MirGeneDB ID | Mml-Mir-362-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-362 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AUGCACC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Rhesus monkey (Macaca mulatta) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | mml-mir-502 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Mml-Mir-362-P1 Mml-Mir-362-P2-v1 Mml-Mir-362-P2-v2 Mml-Mir-362-P3 Mml-Mir-362-P5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-362-P4 Cfa-Mir-362-P4 Cpo-Mir-362-P4 Dno-Mir-362-P4 Ete-Mir-362-P4 Hsa-Mir-362-P4 Mmu-Mir-362-P4 Ocu-Mir-362-P4 Rno-Mir-362-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (rheMac8_trace) |
chrX: 50021934-50021993 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-362-P4) |
Mir-188-P2
chrX: 50008239-50008297 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-188-P1 chrX: 50008592-50008651 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P2-v1 chrX: 50013506-50013567 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P2-v2 chrX: 50013506-50013567 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P1 chrX: 50014029-50014087 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P5 chrX: 50017286-50017346 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P3 chrX: 50018014-50018073 [+] UCSC Ensembl Mir-188-P3 chrX: 50020582-50020640 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P4 chrX: 50021934-50021993 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CCCAAGCCUUCUGCCCUGUUCUCCCUCUCUAAUCCUUGCUAUCUGGGUGCUAGUGCUGUCUCAAUGCAAUGCACCUGGGCAAGGAUUCAGAGAGGGGGAGCUCAACUGUACCAAGAAGGAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 CCCAAGCCUUCUGCCCU-- -| UAU UG UAG UGUC GUUCUCCCUCUCU AAUCCUUGC C GGUGC UGC \ CGAGGGGGAGAGA UUAGGAACG G CCACG ACG U AGGAAGAACCAUGUCAACU C^ --- GU UA- UAAC . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Comment | There is a second Drosha and Dicer cut -1 and +1 respectively to what is annotated here. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Mml-Mir-362-P4_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0006365 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AAUCCUUGCUAUCUGGGUGCUAGUGC -26
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proposed targets |
TargetScanVert: mml-miR-502-5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Mml-Mir-362-P4_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0006366 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- AAUGCACCUGGGCAAGGAUUCAG -60
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proposed targets |
TargetScanVert: mml-miR-502-3p |