MirGeneDB ID | Ocu-Mir-873-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-873 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GCAGGAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Rabbit (Oryctolagus cuniculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | ocu-mir-873 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Ocu-Mir-873-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-873-v1 Cfa-Mir-873-v1 Cja-Mir-873-v1 Cpo-Mir-873-v1 Dno-Mir-873-v1 Eca-Mir-873-v1 Ete-Mir-873-v1 Hsa-Mir-873-v1 Laf-Mir-873 Mdo-Mir-873-v1 Mml-Mir-873-v1 Mmr-Mir-873 Mmu-Mir-873-v1 Neu-Mir-873-v1 Oan-Mir-873-v1 Pab-Mir-873-v1 Rno-Mir-873-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Mammalia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Mammalia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (oryCun2_add) |
chr1: 24466640-24466698 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-873-v1) |
Mir-873-v1
chr1: 24466640-24466698 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-873-v2 chr1: 24466641-24466697 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CCAUCUGCUUAAAAUAAGUUUGUGUGCAUUUGCAGGAACUUGUGAGUCUCCUAUUGAAAAUGAACAGGAGACUGAUGAGUUCCCGGGAACACCCACAAAUCUUCCUGCUCACUCUGCUGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CCAUCUGCUUAAAAUAA--| UGCAUUUGCA UG G AUUGAA GUUUGUG GGAACU U AGUCUCCU \ UAAACAC CCUUGA A UCAGAGGA A GUCGUCUCACUCGUCCUUC^ CCACAAGGGC GU G CAAGUA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Ocu-Mir-873-v1_5p |
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mirBase accession | MIMAT0048573 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGCAGGAACUUGUGAGUCUCCU -22
Get sequence
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Co-mature sequence | Ocu-Mir-873-v1_3p |
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mirBase accession | MIMAT0048574 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- GAGACUGAUGAGUUCCCGGGAA -59
Get sequence
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