MirGeneDB ID | Pma-Mir-203-o2-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-203 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAAAUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Sea Lamprey (Petromyzon marinus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | pma-mir-203b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Pma-Mir-203-o1 Pma-Mir-203-o2-v1 Pma-Mir-203-o3-v1 Pma-Mir-203-o3-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Dre-Mir-203-P2-v1 Dre-Mir-203-P2-v2 Gmo-Mir-203-P2-v1 Gmo-Mir-203-P2-v2 Lch-Mir-203 Mal-Mir-203-P2-v1 Mal-Mir-203-P2-v2 Spt-Mir-203 Tni-Mir-203-P2-v1 Tni-Mir-203-P2-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | P. marinus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_010993605.1_kPetMar1.pri_genomic) |
NC_046085.1: 5367436-5367495 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-203-o2-v2) |
Mir-203-o2-v1
NC_046085.1: 5367436-5367495 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-203-o2-v2 NC_046085.1: 5367436-5367495 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | ACGACCGGAUUUGCCAUGGUUACCGAGUGCAGUGGUUCUAACCAGUUCAACAGUUCUCUACUGAAAUUGUGAAAUGUUUAGGACCACUUGACUCGGUAGCUCCAGUUCUGCCCCCCCACCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 ACGACCGGAUUUGCCAU--| GC C G A GUUCUCU GGUUACCGAGU AGUGGUUCUAA CA UUCA CA \ UCGAUGGCUCA UCACCAGGAUU GU AAGU GU A CCACCCCCCCGUCUUGACC^ GU U A - UAAAGUC . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Pma-Mir-203-o2-v2_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0019513 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGUGGUUCUAACCAGUUCAACA -22
Get sequence
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Mature sequence | Pma-Mir-203-o2-v2_3p |
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mirBase accession | MIMAT0019514 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- UGAAAUGUUUAGGACCACUUG -60
Get sequence
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