MirGeneDB ID | Rno-Mir-193-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-193 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AAUGCCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Norway rat (Rattus norvegicus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | rno-mir-365 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Rno-Mir-193-P1a Rno-Mir-193-P1b Rno-Mir-193-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-193-P2b Ami-Mir-193-P2b Bge-Mir-193-P2 Bta-Mir-193-P2b Cbr-Mir-193-P2-v1 Cbr-Mir-193-P2-v2 Cel-Mir-193-P2-v1 Cel-Mir-193-P2-v2 Cfa-Mir-193-P2b Cja-Mir-193-P2b Cli-Mir-193-P2b Cmi-Mir-193-P2b Cpi-Mir-193-P2b Cpo-Mir-193-P2b Cte-Mir-193-P2 Dgr-Mir-193-P2 Dlo-Mir-193-P2 Dno-Mir-193-P2b Dre-Mir-193-P2b1 Dre-Mir-193-P2b2 Ebu-Mir-193-P2 Eca-Mir-193-P2b Ete-Mir-193-P2b Gga-Mir-193-P2b Gja-Mir-193-P2b Gmo-Mir-193-P2b2 Hme-Mir-193-P2 Hru-Mir-193-P2 Hsa-Mir-193-P2b Laf-Mir-193-P2b Lch-Mir-193-P2b Lgi-Mir-193-P2 Llo-Mir-193-P2-v1 Llo-Mir-193-P2-v2 Loc-Mir-193-P2b Mal-Mir-193-P2b2 Mgi-Mir-193-P2 Mml-Mir-193-P2b Mmr-Mir-193-P2b Mmu-Mir-193-P2b Mun-Mir-193-P2b Neu-Mir-193-P2b Oan-Mir-193-P2b Ocu-Mir-193-P2b Pab-Mir-193-P2b Pau-Mir-193-P2 Pbv-Mir-193-P2b Pdu-Mir-193-P2 Pfl-Mir-193-P2 Pma-Mir-193-P2 Pmi-Mir-193-P2 Pve-Mir-193-P2 Rph-Mir-193-P2 Sha-Mir-193-P2b Sko-Mir-193-P2 Snu-Mir-193-P2 Spt-Mir-193-P2b Spu-Mir-193-P2 Sro-Mir-193-P2 Sto-Mir-193-P2b Tca-Mir-193-P2 Tgu-Mir-193-P2b Tni-Mir-193-P2b2 Xbo-Mir-193-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (rn6) |
chr10: 67079810-67079871 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-193-P2b) |
Mir-193-P1b
chr10: 67065915-67065970 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-193-P2b chr10: 67079810-67079871 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UGGAGAGCAUUCGAGGACAGCAAGAAAAAUGAGGGACUUUCAGGGGCAGCUGUGUUUCCUGACUCAGUCAUAAUGCCCCUAAAAAUCCUUAUUGUUCUUGCAGUGUGCAUCGGGGCAGCCAUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 UGGAGAGCAUUCGAGGACA--| A AC C GC UUUCCU GCAAGAA AAUGAGGG UUU AGGGGCA UGUG G CGUUCUU UUAUUCCU AAA UCCCCGU AUAC A UACCGACGGGGCUACGUGUGA^ G AA - A- UGACUC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | There is a second Drosha cut +1 on the 5p arm. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Rno-Mir-193-P2b_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0017184 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GAGGGACUUUCAGGGGCAGCUGUG -24
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: rno-miR-365-5p miRDB: MIMAT0017184 |
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Mature sequence | Rno-Mir-193-P2b_3p |
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mirBase accession | MIMAT0001549 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
40- UAAUGCCCCUAAAAAUCCUUAU -62
Get sequence
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Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0001549 TargetScanVert: rno-miR-365-3p miRDB: MIMAT0001549 |