MirGeneDB ID | Ami-Mir-193-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-193 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AAUGCCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | American alligator (Alligator mississippiensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | ami-mir-365-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Ami-Mir-193-P1a Ami-Mir-193-P1b Ami-Mir-193-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-193-P2b Bge-Mir-193-P2 Bta-Mir-193-P2b Cbr-Mir-193-P2-v1 Cbr-Mir-193-P2-v2 Cel-Mir-193-P2-v1 Cel-Mir-193-P2-v2 Cfa-Mir-193-P2b Cgi-Mir-193-P2 Cli-Mir-193-P2b Cmi-Mir-193-P2b Cpi-Mir-193-P2b Cpo-Mir-193-P2b Cte-Mir-193-P2 Dno-Mir-193-P2b Dre-Mir-193-P2b1 Dre-Mir-193-P2b2 Ebu-Mir-193-P2 Ete-Mir-193-P2b Gga-Mir-193-P2b Gja-Mir-193-P2b Gmo-Mir-193-P2b2 Hme-Mir-193-P2 Hsa-Mir-193-P2b Lch-Mir-193-P2b Lgi-Mir-193-P2 Loc-Mir-193-P2b Mal-Mir-193-P2b2 Mml-Mir-193-P2b Mmu-Mir-193-P2b Mun-Mir-193-P2b Oan-Mir-193-P2b Ocu-Mir-193-P2b Pbv-Mir-193-P2b Pfl-Mir-193-P2 Pma-Mir-193-P2 Pmi-Mir-193-P2 Rno-Mir-193-P2b Sha-Mir-193-P2b Sko-Mir-193-P2 Spt-Mir-193-P2b Spu-Mir-193-P2 Sto-Mir-193-P2b Tca-Mir-193-P2 Tgu-Mir-193-P2b Tni-Mir-193-P2b2 Xbo-Mir-193-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_000281125.3_ASM28112v4_AMI_add) |
NW_017711527.1: 5161044-5161105 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-193-P2b) |
Mir-193-P2b
NW_017711527.1: 5161044-5161105 [-]
UCSC
Mir-193-P1b NW_017711527.1: 5177017-5177075 [-] UCSC |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GCAGGGGACUGAGUGGCAGCAAGAAAAAUGAGGGACUUUCAGGGGCAGCUGUGUUUUACUAACCCAGUCAUAAUGCCCCUAAAAAUCCUUAUUGUUCUUGCAAUGUUCAACUGUAACCUGCAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 GCAGGGGACUGAGUGGCA---| A AC C GC UUUUACU GCAAGAA AAUGAGGG UUU AGGGGCA UGUG \ CGUUCUU UUAUUCCU AAA UCCCCGU AUAC A ACGUCCAAUGUCAACUUGUAA^ G AA - A- UGACCCA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Ami-Mir-193-P2b_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0038273 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGGGACUUUCAGGGGCAGCUGUG -23
Get sequence
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Mature sequence | Ami-Mir-193-P2b_3p |
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mirBase accession | MIMAT0038272 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
40- UAAUGCCCCUAAAAAUCCUUAU -62
Get sequence
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