| MirGeneDB ID | Tgu-Mir-193-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-193 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AAUGCCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Zebra finch (Taeniopygia guttata) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | tgu-mir-365-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Tgu-Mir-193-P1a Tgu-Mir-193-P1b Tgu-Mir-193-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-193-P2b Ami-Mir-193-P2b Bge-Mir-193-P2 Bta-Mir-193-P2b Cbr-Mir-193-P2-v1 Cbr-Mir-193-P2-v2 Cel-Mir-193-P2-v1 Cel-Mir-193-P2-v2 Cfa-Mir-193-P2b Cgi-Mir-193-P2 Cli-Mir-193-P2b Cmi-Mir-193-P2b Cpi-Mir-193-P2b Cpo-Mir-193-P2b Cte-Mir-193-P2 Dno-Mir-193-P2b Dre-Mir-193-P2b1 Dre-Mir-193-P2b2 Ebu-Mir-193-P2 Ete-Mir-193-P2b Gga-Mir-193-P2b Gja-Mir-193-P2b Gmo-Mir-193-P2b2 Hme-Mir-193-P2 Hsa-Mir-193-P2b Lch-Mir-193-P2b Lgi-Mir-193-P2 Loc-Mir-193-P2b Mal-Mir-193-P2b2 Mml-Mir-193-P2b Mmu-Mir-193-P2b Mun-Mir-193-P2b Oan-Mir-193-P2b Ocu-Mir-193-P2b Pbv-Mir-193-P2b Pfl-Mir-193-P2 Pma-Mir-193-P2 Pmi-Mir-193-P2 Rno-Mir-193-P2b Sha-Mir-193-P2b Sko-Mir-193-P2 Spt-Mir-193-P2b Spu-Mir-193-P2 Sto-Mir-193-P2b Tca-Mir-193-P2 Tni-Mir-193-P2b2 Xbo-Mir-193-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (TaeGut1_add) |
18: 10900791-10900853 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-193-P2b) |
Mir-193-P1b
18: 10887122-10887180 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-193-P2b 18: 10900791-10900853 [+] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GGGGACCGACUGAGCGGCAGCAAGAAAAAUGAGGGACUUUCAGGGGCAGCUGUGUUUUACUAACCCAGUCAUAAUGCCCCUAAAAAUCCUUAUUGUUCUUGCAAUAGUCAACUGUGGCACGGGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 GGGGACCGACUGAGCGGCA--| A AC C GC GUUUUACU GCAAGAA AAUGAGGG UUU AGGGGCA UGU \ CGUUCUU UUAUUCCU AAA UCCCCGU AUA A GGGCACGGUGUCAACUGAUAA^ G AA - A- CUGACCCA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | There is a second Drosha cut +1 on the 5p arm. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Tgu-Mir-193-P2b_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0031088 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GAGGGACUUUCAGGGGCAGCUGU -23
Get sequence
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| Mature sequence | Tgu-Mir-193-P2b_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0014582 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- UAAUGCCCCUAAAAAUCCUUAU -63
Get sequence
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