MirGeneDB ID | Tca-Mir-67-v3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-67 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CAACCUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Red flour beetle (Tribolium castaneum) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | tca-mir-307 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Tca-Mir-67-v1 Tca-Mir-67-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Asu-Mir-67 Bge-Mir-67 Cbr-Mir-67 Cel-Mir-67 Cte-Mir-67 Dgr-Mir-67 Dma-Mir-67 Dme-Mir-67-v3 Dpu-Mir-67 Dsi-Mir-67-v3 Dya-Mir-67-v3 Egr-Mir-67 Gsa-Mir-67 Hru-Mir-67 Isc-Mir-67 Lan-Mir-67 Lgi-Mir-67 Npo-Mir-67 Obi-Mir-67 Ofu-Mir-67 Ovu-Mir-67 Pau-Mir-67 Pca-Mir-67 Pdu-Mir-67 Sma-Mir-67 Sme-Mir-67 Snu-Mir-67 Tur-Mir-67 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Tcas5.2) |
LG8: 13556470-13556530 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-67-v3) |
Mir-67-v1
LG8: 13556470-13556530 [+]
Ensembl
Mir-67-v2 LG8: 13556470-13556530 [+] Ensembl Mir-67-v3 LG8: 13556470-13556530 [+] Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GGUGAAAUGAAGCCACUAUCUAUCUCGGUGACUCACUCAACCUGGGUGUGAUGUGUUUGCUGUACCAUCACAACCUCCUUGAGUGAGCGACCGGGUGGAUAUCACCGACAUUUUUACACCAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 GGUGAAAUGAAGCCACU----| U GA CCU G UGUGUUU AUCUAUC CGGU CUCACUCAA GG UGUGA G UAGGUGG GCCA GAGUGAGUU CC ACACU C ACCACAUUUUUACAGCCACUA^ - GC CCU A ACCAUGU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Tca-Mir-67-v3_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0019129 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- ACUCACUCAACCUGGGUGUGA -21
Get sequence
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Mature sequence | Tca-Mir-67-v3_3p |
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mirBase accession | MIMAT0008389 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- ACAACCUCCUUGAGUGAGCGAC -61
Get sequence
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