MirGeneDB ID | Bta-Mir-105-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-105 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CAAAUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Cow (Bos taurus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | bta-mir-105b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Bta-Mir-105-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Cfa-Mir-105-P1 Cja-Mir-105-P1 Cpo-Mir-105-P1 Eca-Mir-105-P1 Ete-Mir-105-P1 Hsa-Mir-105-P1 Mml-Mir-105-P1 Mmr-Mir-105-P1 Mmu-Mir-105-P1 Ocu-Mir-105-P1 Pab-Mir-105-P1 Rno-Mir-105-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_002263795.1_ARS-UCD1.2_BTA) |
NC_037357.1: 34769268-34769325 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-105-P1) |
Mir-105-P2
NC_037357.1: 34766814-34766872 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-105-P1 NC_037357.1: 34769268-34769325 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GUUGCAGGAUCUUCUGUGUGUGCAUCGUGGUCAAAUGCUCAGACUCCUUGGUGGCUGCUUAUGCACCAUGGAUGUUUGAGCAUGUGCUAUGGUGUCUACUUUUGCAACAUUGCCAUCUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 GUUGCAGGAUCUUCUGU--| U U A - U GCUG GUG GCAUCGUGG CA AUGCUCAGAC UCC UGGUG C CAU UGUGGUAUC GU UACGAGUUUG AGG ACCAC U UCUACCGUUACAACGUUUU^ C - G U U GUAU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Bta-Mir-105-P1_5p |
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mirBase accession | MIMAT0009216 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UCAAAUGCUCAGACUCCUUGGUG -23
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: bta-miR-105b |
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Star sequence | Bta-Mir-105-P1_3p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
35- CCAUGGAUGUUUGAGCAUGUGCU -58
Get sequence
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