MirGeneDB ID | Cel-Mir-2-P11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-2 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AUCACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Roundworm (Caenorhabditis elegans) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cel-mir-250 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cel-Mir-2-o3 Cel-Mir-2-o4 Cel-Mir-2-o5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Asu-Mir-2-o11a Asu-Mir-2-o11b Asu-Mir-2-o11c Asu-Mir-2-o11d Asu-Mir-2-P11 Cbr-Mir-2-P11 Gsp-Mir-2 Ple-Mir-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Chromadorea | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (ce11) |
chrV: 11769936-11769998 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2-P11) |
Mir-2-P11
chrV: 11769936-11769998 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-279-P12 chrV: 11770076-11770132 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | ACUACUAUAUUCAAGGGUCUUCGGACCACGCCUUCAGUUGCCUCGUGAUCCGCCAAACACAAUAAAUGGACGAAUCACAGUCAACUGUUGGCAUGGUGCUCGUACCCAUUUUGUAAGUUAACAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 ACUACUAUAUUCAAGGGUCUU - -| C UU C C C CCAAACAC CG G ACCA GCC CAGUUG CU GUGAU CG A GC C UGGU CGG GUCAAC GA CACUA GC A ACAAUUGAAUGUUUUACCCAU U G^ A UU U - A AGGUAAAU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Cel-Mir-2-P11_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0020339 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CCUUCAGUUGCCUCGUGAUCCG -22
Get sequence
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Mature sequence | Cel-Mir-2-P11_3p |
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mirBase accession | MIMAT0000306 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
42- AAUCACAGUCAACUGUUGGCA -63
Get sequence
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Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000306 TargetScanWorm: cel-miR-250 |