MirGeneDB ID | Cfa-Mir-1271 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-1271 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UUGGCAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Dog (Canis familiaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cfa-mir-1271 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-1271 Cpo-Mir-1271 Dno-Mir-1271 Ete-Mir-1271 Hsa-Mir-1271 Mml-Mir-1271 Mmu-Mir-1271 Rno-Mir-1271 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (canFam3_add) |
chr4: 36951021-36951078 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | ACCUCUGUAUCCCCAGCACCCAGAUCAGUGCUUGGCACCUAGUAAGCACUCAGUAAAUACUUGUUGAGUGCCUGCUAUGUGCCAGGCAUUGUGCUGAGGGCUUUGGGGGGAUCCAGAUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 ACCUCUGUAUCCCCAGCA- -| AU C A GUAAA CC CAG CAGUGCUUGGCAC UAGUA GCACUCA U GG GUC GUUACGGACCGUG AUCGU CGUGAGU A UAGACCUAGGGGGGUUUCG A^ GU U C UGUUC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Cfa-Mir-1271_5p |
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mirBase accession | MIMAT0006685 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CUUGGCACCUAGUAAGCACUCA -22
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-1271 miRDB: MIMAT0006685 |
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Star sequence | Cfa-Mir-1271_3p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- AGUGCCUGCUAUGUGCCAGGCA -58
Get sequence
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