| MirGeneDB ID | Cja-Mir-1249 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-1249 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CGCCCUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | White-tufted-ear marmoset (Callithrix jacchus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-1249 Cfa-Mir-1249 Cpo-Mir-1249 Dno-Mir-1249 Eca-Mir-1249 Ete-Mir-1249 Hsa-Mir-1249 Laf-Mir-1249 Mml-Mir-1249 Mmr-Mir-1249 Mmu-Mir-1249 Ocu-Mir-1249 Pab-Mir-1249 Rno-Mir-1249 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_011100555.2_mCalJa1.2.pat.X_genomic) |
CM021915.1: 212737226-212737284 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CUUGCUCCUCAGAUUCUUGUUGGCAUGGGGAGGAGGGAGGAGAUGGGCCAAGUUCCCUCUGCCUGGAACGCCCUUCCCCCCCUUCUUCACCUGGCGAACUCCUACUCGUCCUUCAAGACGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 CUUGCUCCUCAGAUUCUU-- G AU -| A A U CAA CCUC GUU GC GG GGAGGAGGG GG GA GGGC GUUC U CAA CG CC CUUCUUCCC CC CU CCCG CAAG G CAGAACUUCCUGCUCAUCCU G GU A^ - C U --- GUCC 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cja-Mir-1249_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGGAGGGAGGAGAUGGGCCAAGUUC -25
Get sequence
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| Mature sequence | Cja-Mir-1249_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- ACGCCCUUCCCCCCCUUCUUCA -59
Get sequence
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