| MirGeneDB ID | Cpo-Mir-506-P26a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-506 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AACUCCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Guinea pig (Cavia porcellus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cpo-mir-12075 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cpo-Mir-506-P2a1 Cpo-Mir-506-P2a2 Cpo-Mir-506-P2b Cpo-Mir-506-P4 Cpo-Mir-506-P5 Cpo-Mir-506-P26b Cpo-Mir-506-P26c Cpo-Mir-506-P26d Cpo-Mir-506-P26e Cpo-Mir-506-P26f Cpo-Mir-506-P26g Cpo-Mir-506-P27a Cpo-Mir-506-P27b Cpo-Mir-506-P27c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Laf-Mir-506 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | C. porcellus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (cavPor3) |
scaffold_84: 2702886-2702945 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-506-P26a) |
Mir-506-P4
scaffold_84: 2699627-2699683 [+]
UCSC
Mir-506-P26a scaffold_84: 2702886-2702945 [+] UCSC Mir-506-P26b scaffold_84: 2715444-2715500 [+] UCSC Mir-506-P26c scaffold_84: 2722022-2722078 [+] UCSC Mir-506-P26d scaffold_84: 2725364-2725420 [+] UCSC Mir-506-P26e scaffold_84: 2739521-2739577 [+] UCSC Mir-506-P26f scaffold_84: 2748262-2748318 [+] UCSC Mir-506-P26g scaffold_84: 2752734-2752794 [+] UCSC |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GACAUUCCUAGACAUGCUAUGUUUAUUACACAACUCCAGGAUUCGUCGAUCAUGUGUAAUUAAGUUUGAUCGGCGUCUCCUGAAGUGAAGUAAUACAUGGCACAUGGCACCUAGAUGAUAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 GACAUUCCUAGACAUGC----| UU ACA C UU UGUGUA UAUGU AUUAC ACU CAGGA CGUCGAUCA A GUACA UAAUG UGA GUCCU GCGGCUAGU U AUAGUAGAUCCACGGUACACG^ -- AAG A CU UUGAAU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cpo-Mir-506-P26a_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0047451 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAACUCCAGGAUUCGUCGAUCA -22
Get sequence
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| Star sequence | Cpo-Mir-506-P26a_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0047452 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- AUCGGCGUCUCCUGAAGUGAAG -60
Get sequence
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