| MirGeneDB ID | Cpo-Mir-506-P5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-506 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UCACAAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Guinea pig (Cavia porcellus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cpo-mir-513 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cpo-Mir-506-P2a1 Cpo-Mir-506-P2a2 Cpo-Mir-506-P2b Cpo-Mir-506-P4 Cpo-Mir-506-P26a Cpo-Mir-506-P26b Cpo-Mir-506-P26c Cpo-Mir-506-P26d Cpo-Mir-506-P26e Cpo-Mir-506-P26f Cpo-Mir-506-P26g Cpo-Mir-506-P27a Cpo-Mir-506-P27b Cpo-Mir-506-P27c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-506-P5 Cja-Mir-506-P5d1 Cja-Mir-506-P5d2 Ete-Mir-506-P5d Ete-Mir-506-P5e Hsa-Mir-506-P5a1 Hsa-Mir-506-P5a2 Hsa-Mir-506-P5b Hsa-Mir-506-P5c Laf-Mir-506 Mml-Mir-506-P5o1 Mml-Mir-506-P5o2 Mml-Mir-506-P5o3 Mml-Mir-506-P5o4a Mml-Mir-506-P5o4b Mmr-Mir-506-P5 Ocu-Mir-506-P5 Pab-Mir-506-P5o5 Pab-Mir-506-P5o6 Pab-Mir-506-P5o7 Pab-Mir-506-P5o8 Rno-Mir-506-P5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (cavPor3) |
scaffold_84: 2797729-2797786 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-506-P5) |
Mir-506-P26f
scaffold_84: 2748262-2748318 [+]
UCSC
Mir-506-P26g scaffold_84: 2752734-2752794 [+] UCSC Mir-506-P2a1 scaffold_84: 2762224-2762281 [+] UCSC Mir-506-P2a2 scaffold_84: 2763265-2763322 [+] UCSC Mir-506-P2b scaffold_84: 2771646-2771702 [+] UCSC Mir-506-P5 scaffold_84: 2797729-2797786 [+] UCSC |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CCAUAUUCAACCACUGAGUGUGCAGUGCUUUUCACAAGAAAGUGUCAUUCAUGUGUACUGAAAUAUGAGUGGCAUUUUCUUGCGAAGAGCAAUGUACAGCAUAUCAUGCUUAUGUGGUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 CCAUAUUCAACCACUGAG--| G A UGUA UGUGCA UGCUUUUC CAAGAAAGUGUCAUUCAUG C ACAUGU ACGAGAAG GUUCUUUUACGGUGAGUAU U UGGUGUAUUCGUACUAUACG^ A C AAAG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cpo-Mir-506-P5_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0047437 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUCACAAGAAAGUGUCAUUCAUG -23
Get sequence
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| Star sequence | Cpo-Mir-506-P5_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0047438 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- UGAGUGGCAUUUUCUUGCGAAGA -58
Get sequence
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