| MirGeneDB ID | Cpo-Mir-506-P27a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-506 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | ACCAAGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Guinea pig (Cavia porcellus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cpo-mir-892 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cpo-Mir-506-P2a1 Cpo-Mir-506-P2a2 Cpo-Mir-506-P2b Cpo-Mir-506-P4 Cpo-Mir-506-P5 Cpo-Mir-506-P26a Cpo-Mir-506-P26b Cpo-Mir-506-P26c Cpo-Mir-506-P26d Cpo-Mir-506-P26e Cpo-Mir-506-P26f Cpo-Mir-506-P26g Cpo-Mir-506-P27b Cpo-Mir-506-P27c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Laf-Mir-506 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | C. porcellus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (cavPor3) |
scaffold_84: 3931993-3932049 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-506-P27a) |
Mir-506-P27a
scaffold_84: 3931993-3932049 [+]
UCSC
Mir-506-P27c scaffold_84: 3933561-3933617 [+] UCSC |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UCUGCCUUCAGCGUGCUGUGUGCCACGUCCUAUUCAGAAUGGCCUUGGUCAUUUGGAUUAUAUGUCACCAAGGUCUUUCUGAGUAGAAUAGGGCUCACCAAAUUCUUCAUUUGUAGUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 UCUGCCUUCAGCGUGCU--| U AC C U CAUUUGGA GUG GCC GU CUAUUCAGAA GGCCUUGGU \ CAC CGG UA GAUGAGUCUU CUGGAACCA U UGAUGUUUACUUCUUAAAC^ U GA A U CUGUAUAU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cpo-Mir-506-P27a_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0047231 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAUUCAGAAUGGCCUUGGUCA -21
Get sequence
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| Mature sequence | Cpo-Mir-506-P27a_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0047232 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- CACCAAGGUCUUUCUGAGUAGA -57
Get sequence
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