| MirGeneDB ID | Cpo-Mir-506-P26e | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-506 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GACUGAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Guinea pig (Cavia porcellus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cpo-mir-509a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cpo-Mir-506-P2a1 Cpo-Mir-506-P2a2 Cpo-Mir-506-P2b Cpo-Mir-506-P4 Cpo-Mir-506-P5 Cpo-Mir-506-P26a Cpo-Mir-506-P26b Cpo-Mir-506-P26c Cpo-Mir-506-P26d Cpo-Mir-506-P26f Cpo-Mir-506-P26g Cpo-Mir-506-P27a Cpo-Mir-506-P27b Cpo-Mir-506-P27c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Laf-Mir-506 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | C. porcellus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (cavPor3) |
scaffold_84: 2739521-2739577 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-506-P26e) |
Mir-506-P4
scaffold_84: 2699627-2699683 [+]
UCSC
Mir-506-P26a scaffold_84: 2702886-2702945 [+] UCSC Mir-506-P26b scaffold_84: 2715444-2715500 [+] UCSC Mir-506-P26c scaffold_84: 2722022-2722078 [+] UCSC Mir-506-P26d scaffold_84: 2725364-2725420 [+] UCSC Mir-506-P26e scaffold_84: 2739521-2739577 [+] UCSC Mir-506-P26f scaffold_84: 2748262-2748318 [+] UCSC Mir-506-P26g scaffold_84: 2752734-2752794 [+] UCSC Mir-506-P2a1 scaffold_84: 2762224-2762281 [+] UCSC Mir-506-P2a2 scaffold_84: 2763265-2763322 [+] UCSC Mir-506-P2b scaffold_84: 2771646-2771702 [+] UCSC |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UUAGCCUUCAUUGUGCUGUGUGUGAUGCCCUUCUUCAGAGAGUUUUAGUCGUUUGUAAUUAAGUAUGACUGAAGCAUCUGAGGGAGAGUAAUGCAUGCCAUGUACAACGUAUGACUGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 UUAGCCUUCAUUGUGCU--| A C GA UUGUA GUGUGUG UGC CUUCUUCAGA GUUUUAGUCGU A CGUACGU AUG GAGGGAGUCU CGAAGUCAGUA U GUCAGUAUGCAACAUGUAC^ A A A- UGAAU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cpo-Mir-506-P26e_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0047321 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUCUUCAGAGAGUUUUAGUCGUU -23
Get sequence
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| Mature sequence | Cpo-Mir-506-P26e_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0047322 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- UGACUGAAGCAUCUGAGGGAGA -57
Get sequence
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