| MirGeneDB ID | Cpo-Mir-506-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-506 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UUGGCAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Guinea pig (Cavia porcellus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cpo-mir-507b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cpo-Mir-506-o1 Cpo-Mir-506-o2 Cpo-Mir-506-o3 Cpo-Mir-506-o4 Cpo-Mir-506-o5 Cpo-Mir-506-o6 Cpo-Mir-506-o7a Cpo-Mir-506-o7b Cpo-Mir-506-o7c Cpo-Mir-506-o8 Cpo-Mir-506-P1 Cpo-Mir-506-P2a Cpo-Mir-506-P2c Cpo-Mir-506-P6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Dno-Mir-506-P2 Hsa-Mir-506-P2 Mml-Mir-506-P2 Mmu-Mir-506-P2 Ocu-Mir-506-P2 Rno-Mir-506-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | C. porcellus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (cavPor3) |
scaffold_84: 2763265-2763322 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-506-P2b) |
Mir-506-o4
scaffold_84: 2715444-2715500 [+]
UCSC
Mir-506-o6 scaffold_84: 2722022-2722078 [+] UCSC Mir-506-o5 scaffold_84: 2725364-2725420 [+] UCSC Mir-506-o1 scaffold_84: 2739521-2739577 [+] UCSC Mir-506-o2 scaffold_84: 2748262-2748318 [+] UCSC Mir-506-o3 scaffold_84: 2752734-2752794 [+] UCSC Mir-506-P2a scaffold_84: 2762224-2762281 [+] UCSC Mir-506-P2b scaffold_84: 2763265-2763322 [+] UCSC Mir-506-P2c scaffold_84: 2771646-2771702 [+] UCSC Mir-506-P6 scaffold_84: 2797729-2797786 [+] UCSC |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CCAUGUGCCGUUAGGCUUUGUGCGGUGCUUCACUCAAAAAGGUGCCAUUCAGGUAAAUUAAAAUAUGAUUGGCACUUUUUUGAGUGCAGUAGUACACAACAUUUGCAGCUACAUACUCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 CCAUGUGCCGUUAGGCU--| CGG U U GGUAAA UUGUG UGCU CACUCAAAAAGGUGCCA UCA U AACAC AUGA GUGAGUUUUUUCACGGU AGU U CUCAUACAUCGACGUUUAC^ AUG C U AUAAAA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cpo-Mir-506-P2b_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | MIMAT0047317 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CACUCAAAAAGGUGCCAUUCA -21
Get sequence
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| Mature sequence | Cpo-Mir-506-P2b_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0047318 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- AUUGGCACUUUUUUGAGUGCA -58
Get sequence
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