MirGeneDB ID | Rno-Mir-506-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-506 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UUGGUAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Norway rat (Rattus norvegicus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | rno-mir-547 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Rno-Mir-506-P1 Rno-Mir-506-P4 Rno-Mir-506-P5 Rno-Mir-506-P11 Rno-Mir-506-P13 Rno-Mir-506-P14 Rno-Mir-506-P15 Rno-Mir-506-P16 Rno-Mir-506-P17 Rno-Mir-506-P18 Rno-Mir-506-P19 Rno-Mir-506-P21 Rno-Mir-506-P22 Rno-Mir-506-P23 Rno-Mir-506-P24 Rno-Mir-506-P25 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-506-P2b1 Bta-Mir-506-P2b2 Cfa-Mir-506-P2b Cpo-Mir-506-P2b Dno-Mir-506-P2b Eca-Mir-506-P2b3 Eca-Mir-506-P2b4 Hsa-Mir-506-P2b Laf-Mir-506 Mml-Mir-506-P2b Mmr-Mir-506-P2b Mmu-Mir-506-P2b Pab-Mir-506-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (rn6) |
chrX: 155338852-155338909 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-506-P2b) |
Mir-506-P1
chrX: 155317221-155317277 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-506-P2b chrX: 155338852-155338909 [+] UCSC Ensembl Mir-506-P4 chrX: 155339151-155339208 [+] UCSC Ensembl Mir-506-P5 chrX: 155344207-155344263 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CUACCUUCAGUCACAUAGUGUGUGAUGUAUCACUUCAGGAUGUACCACCCAUUUAAUGGAAAAUAUGAUUGGUACUUCUUUAAGUGAGAUAAUGCACACUAACUGCCACGUCAAUACUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CUACCUUCAGUCACAUA--| A A C U CC UUUAAU GUGUGUG UGU UCACUU AGGA GUACCA CA G CACACGU AUA AGUGAA UUCU CAUGGU GU G UCAUAACUGCACCGUCAAU^ A G U U UA AUAAAA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Rno-Mir-506-P2b_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0017368 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CACUUCAGGAUGUACCACCCA -21
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: rno-miR-547-5p miRDB: MIMAT0017368 |
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Mature sequence | Rno-Mir-506-P2b_3p |
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mirBase accession | MIMAT0012851 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- AUUGGUACUUCUUUAAGUGAG -58
Get sequence
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Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0012851 TargetScanVert: rno-miR-547-3p miRDB: MIMAT0012851 |