MirGeneDB ID | Rno-Mir-506-P5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-506 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UCACAAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Norway rat (Rattus norvegicus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | rno-mir-3585 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Rno-Mir-506-P1 Rno-Mir-506-P2b Rno-Mir-506-P4 Rno-Mir-506-P11 Rno-Mir-506-P13 Rno-Mir-506-P14 Rno-Mir-506-P15 Rno-Mir-506-P16 Rno-Mir-506-P17 Rno-Mir-506-P18 Rno-Mir-506-P19 Rno-Mir-506-P21 Rno-Mir-506-P22 Rno-Mir-506-P23 Rno-Mir-506-P24 Rno-Mir-506-P25 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-506-P5 Cja-Mir-506-P5d1 Cja-Mir-506-P5d2 Cpo-Mir-506-P5 Ete-Mir-506-P5d Ete-Mir-506-P5e Hsa-Mir-506-P5a1 Hsa-Mir-506-P5a2 Hsa-Mir-506-P5b Hsa-Mir-506-P5c Laf-Mir-506 Mml-Mir-506-P5o1 Mml-Mir-506-P5o2 Mml-Mir-506-P5o3 Mml-Mir-506-P5o4a Mml-Mir-506-P5o4b Mmr-Mir-506-P5 Ocu-Mir-506-P5 Pab-Mir-506-P5o5 Pab-Mir-506-P5o6 Pab-Mir-506-P5o7 Pab-Mir-506-P5o8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (rn6) |
chrX: 155344207-155344263 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-506-P5) |
Mir-506-P1
chrX: 155317221-155317277 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-506-P2b chrX: 155338852-155338909 [+] UCSC Ensembl Mir-506-P4 chrX: 155339151-155339208 [+] UCSC Ensembl Mir-506-P5 chrX: 155344207-155344263 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CCACAUGGAGCAAAUCUGUGUGCAGUGCUUUUCACAAGAAGGUGUCUUUCAUGGGGAUUAAAACAUGAACGGCCCUUGUUGUGAGGAGUAAUGUACAACAUGUAAUGCCUGUGUGGUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CCACAUGGAGCAAAUCUG--| G G U U GGGA UGUGCA UGCUUUUCACAA AAGG GUC UUCAUG U ACAUGU AUGAGGAGUGUU UUCC CGG AAGUAC U UGGUGUGUCCGUAAUGUACA^ A G - C AAAA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Rno-Mir-506-P5_5p |
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mirBase accession | MIMAT0017878 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UUCACAAGAAGGUGUCUUUCAUG -23
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: rno-miR-3585-5p miRDB: MIMAT0017878 |
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Star sequence | Rno-Mir-506-P5_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0017879 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
35- UGAACGGCCCUUGUUGUGAGGA -57
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: rno-miR-3585-3p miRDB: MIMAT0017879 |