MirGeneDB ID | Hsa-Mir-506-P5a2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-506 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UCACAGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Human (Homo sapiens) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | hsa-mir-513a-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Hsa-Mir-506-P1a1 Hsa-Mir-506-P1a2 Hsa-Mir-506-P1a3 Hsa-Mir-506-P1b Hsa-Mir-506-P1c1 Hsa-Mir-506-P1c2 Hsa-Mir-506-P1c3 Hsa-Mir-506-P1d Hsa-Mir-506-P1e Hsa-Mir-506-P2b Hsa-Mir-506-P3 Hsa-Mir-506-P4 Hsa-Mir-506-P5a1 Hsa-Mir-506-P5b Hsa-Mir-506-P5c Hsa-Mir-506-P6a Hsa-Mir-506-P6b Hsa-Mir-506-P6c Hsa-Mir-506-P6d Hsa-Mir-506-P6e | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-506-P5 Cpo-Mir-506-P5 Laf-Mir-506 Mmr-Mir-506-P5 Ocu-Mir-506-P5 Rno-Mir-506-P5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | H. sapiens | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (hg38) |
chrX: 147213498-147213555 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-506-P5a2) |
Mir-506-P5c
chrX: 147189717-147189774 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-506-P5b chrX: 147199057-147199114 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P5a2 chrX: 147213498-147213555 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P5a1 chrX: 147225860-147225917 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P4 chrX: 147230753-147230809 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P2b chrX: 147231002-147231059 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P3 chrX: 147236945-147237002 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P1e chrX: 147250161-147250218 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P1c3 chrX: 147258774-147258831 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P1c2 chrX: 147259661-147259717 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P1c1 chrX: 147260549-147260606 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CCACAUUCAGCCAUUCAGCGUACAGUGCCUUUCACAGGGAGGUGUCAUUUAUGUGAACUAAAAUAUAAAUUUCACCUUUCUGAGAAGGGUAAUGUACAGCAUGCACUGCAUAUGUGGUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CCACAUUCAGCCAUUCA- -| G A GG UC UGAA GC GUACA UGCCUUUC CAG AGGUG AUUUAUG C CG CAUGU AUGGGAAG GUC UCCAC UAAAUAU U UGGUGUAUACGUCACGUA A^ A A UU UU AAAA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Hsa-Mir-506-P5a2_5p |
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mirBase accession | MIMAT0002877 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UUCACAGGGAGGUGUCAUUUAUG -23
Get sequence
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Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0002877 TargetScanVert: hsa-miR-513a-5p TargetMiner: hsa-miR-513a-5p miRDB: MIMAT0002877 |
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Star sequence | Hsa-Mir-506-P5a2_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0004777 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
35- UAAAUUUCACCUUUCUGAGAAGG -58
Get sequence
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Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0004777 TargetScanVert: hsa-miR-513a-3p TargetMiner: hsa-miR-513a-3p miRDB: MIMAT0004777 |