MirGeneDB ID | Hsa-Mir-506-P1c3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-506 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAUUGGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Human (Homo sapiens) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | hsa-mir-509-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Hsa-Mir-506-P1a1 Hsa-Mir-506-P1a2 Hsa-Mir-506-P1a3 Hsa-Mir-506-P1b Hsa-Mir-506-P1c1 Hsa-Mir-506-P1c2 Hsa-Mir-506-P1d Hsa-Mir-506-P1e Hsa-Mir-506-P2b Hsa-Mir-506-P3 Hsa-Mir-506-P4 Hsa-Mir-506-P5a1 Hsa-Mir-506-P5a2 Hsa-Mir-506-P5b Hsa-Mir-506-P5c Hsa-Mir-506-P6a Hsa-Mir-506-P6b Hsa-Mir-506-P6c Hsa-Mir-506-P6d Hsa-Mir-506-P6e | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Cfa-Mir-506-P1 Cja-Mir-506-P1c Laf-Mir-506 Rno-Mir-506-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | H. sapiens | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (hg38) |
chrX: 147258774-147258831 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-506-P1c3) |
Mir-506-P5a2
chrX: 147213498-147213555 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-506-P5a1 chrX: 147225860-147225917 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P4 chrX: 147230753-147230809 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P2b chrX: 147231002-147231059 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P3 chrX: 147236945-147237002 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P1e chrX: 147250161-147250218 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P1c3 chrX: 147258774-147258831 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P1c2 chrX: 147259661-147259717 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P1c1 chrX: 147260549-147260606 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P1b chrX: 147272342-147272399 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P1a3 chrX: 147279266-147279323 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P1a1 chrX: 147281957-147282014 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P1a2 chrX: 147284655-147284712 [-] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CCAUCCUCAGACAUGCUGUGUGUGGUACCCUACUGCAGACAGUGGCAAUCAUGUAUAAUUAAAAAUGAUUGGUACGUCUGUGGGUAGAGUACUGCAUGACACGUGCAACAUACAUGAUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CCAUCCUCAGACAUGCU- - UG C -|UG A G GUAUA GU GUG GUAC CUA C CAGAC GUG CAAUCAU A CA UAC CAUG GAU G GUCUG CAU GUUAGUA U UAGUACAUACAACGUGCA G GU A G^GU - G AAAAU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Hsa-Mir-506-P1c3_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0004779 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UACUGCAGACAGUGGCAAUCAUG -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0004779 TargetScanVert: hsa-miR-509-5p TargetMiner: hsa-miR-509-5p miRDB: MIMAT0004779 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Hsa-Mir-506-P1c3_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0002881 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
35- UGAUUGGUACGUCUGUGGGUAGA -58
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0002881 TargetScanVert: hsa-miR-509-3p TargetMiner: hsa-miR-509-3p miRDB: MIMAT0002881 |