MirGeneDB ID | Cja-Mir-506-P5d1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-506 (all species) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UCUCAAG | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | White-tufted-ear marmoset (Callithrix jacchus) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cja-Mir-506-P1a Cja-Mir-506-P1b Cja-Mir-506-P1c Cja-Mir-506-P1d Cja-Mir-506-P1e Cja-Mir-506-P2a Cja-Mir-506-P3 Cja-Mir-506-P4 Cja-Mir-506-P5d2 Cja-Mir-506-P6a Cja-Mir-506-P6b Cja-Mir-506-P6c Cja-Mir-506-P6d Cja-Mir-506-P6e Cja-Mir-506-P6o1 Cja-Mir-506-P6o2 Cja-Mir-506-P6o3 Cja-Mir-506-P6o4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-506-P5 Cpo-Mir-506-P5 Ete-Mir-506-P5d Laf-Mir-506 Mmr-Mir-506-P5 Ocu-Mir-506-P5 Rno-Mir-506-P5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | C. jacchus | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_011100555.2_mCalJa1.2.pat.X_genomic) |
CM021937.1: 139086335-139086391 [-] UCSC Ensembl | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CCACAUUCAGCCAUUCAGCGUGCAGUGCCUUUCUCAAGAAGGUGGCAUUCAUGUGAACUAAAAUAUGAUGUCACUUUUUUGAGAAGAGUAAUGUACAGCAUGUACUGCGCACGUGGUGet precursor sequence | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CCACAUUCAGCCAUUCA- -| G C U UGAA GC GUGCA UGC UUUCUCAAGAAGGUGGCAU CAUG C CG CAUGU AUG GAAGAGUUUUUUCACUGUA GUAU U UGGUGCACGCGUCAUGUA A^ A A - AAAA 110 100 90 80 70 60 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Cja-Mir-506-P5d1_5p (predicted) |
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mirBase accession | None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UUCUCAAGAAGGUGGCAUUCAUG -23
Get sequence
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Star sequence | Cja-Mir-506-P5d1_3p* (predicted) |
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mirBase accession | None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
35- UGAUGUCACUUUUUUGAGAAGA -57
Get sequence
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