MirGeneDB ID | Cpo-Mir-506-o8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-506 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AACUCCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Guinea pig (Cavia porcellus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cpo-mir-12075 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cpo-Mir-506-o1 Cpo-Mir-506-o2 Cpo-Mir-506-o3 Cpo-Mir-506-o4 Cpo-Mir-506-o5 Cpo-Mir-506-o6 Cpo-Mir-506-o7a Cpo-Mir-506-o7b Cpo-Mir-506-o7c Cpo-Mir-506-P1 Cpo-Mir-506-P2a Cpo-Mir-506-P2b Cpo-Mir-506-P2c Cpo-Mir-506-P6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Hsa-Mir-506-P8 Mml-Mir-506-P8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | C. porcellus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (cavPor3) |
scaffold_84: 2702886-2702945 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-506-o8) |
Mir-506-P1
scaffold_84: 2699627-2699683 [+]
UCSC
Mir-506-o8 scaffold_84: 2702886-2702945 [+] UCSC Mir-506-o4 scaffold_84: 2715444-2715500 [+] UCSC Mir-506-o6 scaffold_84: 2722022-2722078 [+] UCSC Mir-506-o5 scaffold_84: 2725364-2725420 [+] UCSC Mir-506-o1 scaffold_84: 2739521-2739577 [+] UCSC Mir-506-o2 scaffold_84: 2748262-2748318 [+] UCSC Mir-506-o3 scaffold_84: 2752734-2752794 [+] UCSC |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GACAUUCCUAGACAUGCUAUGUUUAUUACACAACUCCAGGAUUCGUCGAUCAUGUGUAAUUAAGUUUGAUCGGCGUCUCCUGAAGUGAAGUAAUACAUGGCACAUGGCACCUAGAUGAUAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 GACAUUCCUAGACAUGC----| UU ACA C UU UGUGUA UAUGU AUUAC ACU CAGGA CGUCGAUCA A GUACA UAAUG UGA GUCCU GCGGCUAGU U AUAGUAGAUCCACGGUACACG^ -- AAG A CU UUGAAU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Cpo-Mir-506-o8_5p |
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mirBase accession | MIMAT0047451 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CAACUCCAGGAUUCGUCGAUCA -22
Get sequence
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Star sequence | Cpo-Mir-506-o8_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0047452 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- AUCGGCGUCUCCUGAAGUGAAG -60
Get sequence
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