MirGeneDB ID | Cpo-Mir-506-o7a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-506 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | ACCAAGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Guinea pig (Cavia porcellus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cpo-mir-892 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cpo-Mir-506-o1 Cpo-Mir-506-o2 Cpo-Mir-506-o3 Cpo-Mir-506-o4 Cpo-Mir-506-o5 Cpo-Mir-506-o6 Cpo-Mir-506-o7b Cpo-Mir-506-o7c Cpo-Mir-506-o8 Cpo-Mir-506-P1 Cpo-Mir-506-P2a Cpo-Mir-506-P2b Cpo-Mir-506-P2c Cpo-Mir-506-P6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Cfa-Mir-506-P7 Hsa-Mir-506-P7a Mml-Mir-506-P7a Mmu-Mir-506-P7 Rno-Mir-506-P7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | C. porcellus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (cavPor3) |
scaffold_84: 3931993-3932049 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-506-o7a) |
Mir-506-o7a
scaffold_84: 3931993-3932049 [+]
UCSC
Mir-506-o7c scaffold_84: 3933561-3933617 [+] UCSC |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UCUGCCUUCAGCGUGCUGUGUGCCACGUCCUAUUCAGAAUGGCCUUGGUCAUUUGGAUUAUAUGUCACCAAGGUCUUUCUGAGUAGAAUAGGGCUCACCAAAUUCUUCAUUUGUAGUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UCUGCCUUCAGCGUGCU--| U AC C U CAUUUGGA GUG GCC GU CUAUUCAGAA GGCCUUGGU \ CAC CGG UA GAUGAGUCUU CUGGAACCA U UGAUGUUUACUUCUUAAAC^ U GA A U CUGUAUAU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Cpo-Mir-506-o7a_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0047231 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UAUUCAGAAUGGCCUUGGUCA -21
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Cpo-Mir-506-o7a_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0047232 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
35- CACCAAGGUCUUUCUGAGUAGA -57
Get sequence
|