MirGeneDB ID | Eca-Mir-361-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-361 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CCCCCAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Horse (Equus caballus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | eca-mir-361 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Eca-Mir-361-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-361-v2 Cfa-Mir-361-v2 Cja-Mir-361-v2 Cpo-Mir-361-v2 Dno-Mir-361-v2 Ete-Mir-361-v2 Hsa-Mir-361-v2 Laf-Mir-361 Mml-Mir-361-v2 Mmr-Mir-361-v2 Mmu-Mir-361-v2 Ocu-Mir-361-v2 Pab-Mir-361-v2 Rno-Mir-361-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_002863925.1_EquCab3.0) |
CM009179.1: 68955685-68955745 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-361-v2) |
Mir-361-v1
CM009179.1: 68955684-68955746 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-361-v2 CM009179.1: 68955685-68955745 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CCAGUGAUUCUUCCCUGGGAUUUGGGAGCUUAUCAGAAUCUCCAGGGGUACUGAUAAUUUUAAAAAGUCCCCCAGGCGUGAUUCUGAUUUGCUUCCUUCUCCUCCUCCUCCUCCUCUUCUUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CCAGUGAUUCUUCCCUG-- UUU UU U--| A U GAUAAU GGA GGGAGC AUCAGAAUC CC GGGG ACU \ CCU CCUUCG UAGUCUUAG GG CCCC UGA U UUCUUCUCCUCCUCCUCCU CUU UU UGC^ A C AAAAUU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | The mature form of this variant is most highly expressed as a 2 nt shorter form but is rarely accompanied by a 19 nt corresponding 5p star read. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Eca-Mir-361-v2_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0013208 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UAUCAGAAUCUCCAGGGGUACU -22
Get sequence
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Mature sequence | Eca-Mir-361-v2_3p |
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mirBase accession | MIMAT0013209 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- UCCCCCAGGCGUGAUUCUGAUUUG -61
Get sequence
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