MirGeneDB ID | Cfa-Mir-361-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-361 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CCCCCAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Dog (Canis familiaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cfa-mir-361 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cfa-Mir-361-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-361-v2 Cja-Mir-361-v2 Cpo-Mir-361-v2 Dno-Mir-361-v2 Eca-Mir-361-v2 Ete-Mir-361-v2 Hsa-Mir-361-v2 Laf-Mir-361 Mml-Mir-361-v2 Mmr-Mir-361-v2 Mmu-Mir-361-v2 Ocu-Mir-361-v2 Pab-Mir-361-v2 Rno-Mir-361-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (canFam3_add) |
chrX: 66698699-66698759 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-361-v2) |
Mir-361-v1
chrX: 66698698-66698760 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-361-v2 chrX: 66698699-66698759 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | ACAGUGAUUCUUCCCUGGGACUUGGGAGUUUAUCAGAAUCUCCAGGGGUACUUAAAAUUUGAAAAAGUCCCCCAGGUGUGAUUCUGAUUUGCUCCCUCUUCCUCUUUCUCUGAGAAUCACUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 ACAGUGAUUCUUCCCUG-- CUU UU U--| A U UAAAAU GGA GGGAGU AUCAGAAUC CC GGGG ACU \ CCU CCCUCG UAGUCUUAG GG CCCC UGA U UCACUAAGAGUCUCUUUCU UCU UU UGU^ A C AAAAGU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | The mature form of this variant is most highly expressed as a 2 nt shorter form but is rarely accompanied by a 19 nt corresponding 5p star read. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Cfa-Mir-361-v2_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0006751 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UAUCAGAAUCUCCAGGGGUACU -22
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-361 miRDB: MIMAT0006751 |
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Mature sequence | Cfa-Mir-361-v2_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- UCCCCCAGGUGUGAUUCUGAUUUG -61
Get sequence
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