MirGeneDB ID | Ocu-Mir-361-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-361 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CCCCCAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Rabbit (Oryctolagus cuniculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | ocu-mir-361 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Ocu-Mir-361-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-361-v2 Cfa-Mir-361-v2 Cja-Mir-361-v2 Cpo-Mir-361-v2 Dno-Mir-361-v2 Eca-Mir-361-v2 Ete-Mir-361-v2 Hsa-Mir-361-v2 Laf-Mir-361 Mml-Mir-361-v2 Mmr-Mir-361-v2 Mmu-Mir-361-v2 Pab-Mir-361-v2 Rno-Mir-361-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (oryCun2_add) |
chrX: 76736122-76736182 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-361-v2) |
Mir-361-v1
chrX: 76736121-76736183 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-361-v2 chrX: 76736122-76736182 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CUGUGAUUCUUUUGCUGGGAAUUGGGAGCUUAUCAGAAUCUCCAGGGGUACUUACAAUUUGAAAAAGUCCCCCAGGUGUGAUUCUGAUUUGCUUCCUUCUCCUCCUUCUCCUCCUCUUUUGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CUGUGAUUCUUUUGCUG-- AUU UU U--| A U UACAAU GGA GGGAGC AUCAGAAUC CC GGGG ACU \ CCU CCUUCG UAGUCUUAG GG CCCC UGA U GUUUUCUCCUCCUCUUCCU CUU UU UGU^ A C AAAAGU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | The mature form of this variant is most highly expressed as a 2 nt shorter form but is rarely accompanied by a 19 nt corresponding 5p star read. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Ocu-Mir-361-v2_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0048393 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UAUCAGAAUCUCCAGGGGUACU -22
Get sequence
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Mature sequence | Ocu-Mir-361-v2_3p |
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mirBase accession | MIMAT0048394 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- UCCCCCAGGUGUGAUUCUGAUUUG -61
Get sequence
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