MirGeneDB ID | Ete-Mir-505-v1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-505 (all species) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GGAGCCA | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Lesser hedgehog tenrec (Echinops telfairi) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Ete-Mir-505-v2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-505-v1 Cfa-Mir-505-v1 Cja-Mir-505 Cpo-Mir-505-v1 Dno-Mir-505-v1 Eca-Mir-505-v1 Hsa-Mir-505-v1 Laf-Mir-505-v1 Mml-Mir-505-v1 Mmr-Mir-505-v1 Mmu-Mir-505-v1 Ocu-Mir-505-v1 Pab-Mir-505-v1 Rno-Mir-505-v1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (echTel2) |
JH980367: 5183544-5183602 [+] UCSC | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CUGCCGGUAGGACAUUGAUGCGCCCAGUGGGGGAGCCAGGAAGUAUUGAUGUUUCCGCCAGUUUAGCAUCAACAUUUGCUGCUUUCCUCUCUGGAGCAUCGCCAAGUGCAUGGAUUUUCGet precursor sequence | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CUGCCGGUAGGACAUUG---| GC U C G A UCCGC AUGC CCAG GGGGGAG CAG AAGU UUGAUGUU \ UACG GGUC CUCCUUU GUC UUUA AACUACGA C CUUUUAGGUACGUGAACCGC^ A- U C G C UUUGA 110 100 90 80 70 60 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Ete-Mir-505-v1_5p (predicted) |
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mirBase accession | None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GGGAGCCAGGAAGUAUUGAUGUU -23
Get sequence
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Co-mature sequence | Ete-Mir-505-v1_3p (predicted) |
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mirBase accession | None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- CAUCAACAUUUGCUGCUUUCCUC -59
Get sequence
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