MirGeneDB ID | Mmu-Mir-505-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-505 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GGAGCCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | House mouse (Mus musculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | mmu-mir-505 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Mmu-Mir-505-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-505-v1 Cfa-Mir-505-v1 Cja-Mir-505 Cpo-Mir-505-v1 Dno-Mir-505-v1 Eca-Mir-505-v1 Ete-Mir-505-v1 Hsa-Mir-505-v1 Laf-Mir-505-v1 Mml-Mir-505-v1 Mmr-Mir-505-v1 Ocu-Mir-505-v1 Pab-Mir-505-v1 Rno-Mir-505-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (mm10) |
chrX: 60394415-60394473 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-505-v1) |
Mir-505-v1
chrX: 60394415-60394473 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-505-v2 chrX: 60394415-60394473 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CCUCCGGUAGUAAAUUGAUGCACCCAGUGGGGGAGCCAGGAAGUAUUGAUGUUUCUGCCAGGUUAGCGUCAACACUUGCUGGUUUUCUCUCUGGAGUAUCACCAAGUUCGUGGAUUCUGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CCUCCGGUAGUAAAUUG---| AC U GG G A UCUGC AUGC CCAG GGG AGCCAG AAGU UUGAUGUU \ UAUG GGUC CUC UUGGUC UUCA AACUGCGA C GUCUUAGGUGCUUGAACCAC^ A- U UU G C UUGGA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Mmu-Mir-505-v1_5p |
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mirBase accession | MIMAT0017259 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GGGAGCCAGGAAGUAUUGAUGUU -23
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: mmu-miR-505-5p miRDB: MIMAT0017259 |
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Star sequence | Mmu-Mir-505-v1_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0003513 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- CGUCAACACUUGCUGGUUUUCUC -59
Get sequence
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Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0003513 TargetScanVert: mmu-miR-505-3p.1 miRDB: MIMAT0003513 |